Укоренение в среднюю точку
Программой intree пакета PHYLIP переукореним дерево, полученное в предыдущем задании методом neighbor-joining. Сравним результат и исходным видом дерева:
 |
| A - исходное дерево; Б - переукорененное в среднюю точку |
Укоренеие произошло в узел, отделяющий Clostridia от Bacilli. Заметим, что переукоренение дало прекрасный результат: дерево полностью соответствует правильному.
Использование внешней группы
Метод максимума экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить в среднюю точку, так как длины ветвей неизвестны. В этом случае белки выбранных бактерий выравнивались с белком E.coli, которая заведомо является менее родственнным организмом по отношению к этим бактериям, чем эти бактерии между собой. Таким образом, выровненные и импортированные в MEGA последовательности использовали для получения нового дерева, в котором корнем указывался узел между тривиальной ветвью к E.coli и остальными. Затем была оставлена только часть дерева, не несущая кишечную палочку.
Опять-таки, результатом мы видим идеальное дерево без каких-либо ошибок.
Бутстрэп
Для neighbor-joining был проведен бутсрэп-анализ филогении белков ("Bootstrap method" в окошке Test of Phylogeny") с 100 реплик. Были получены два дерева - "Original tree" и "Bootstrap consensus tree". Они не отличались между собой.
И вновь дерево было правильным, что говорит о хорошем качестве бутстрэп-метода и неплохой применимости. Поддержка ветвей была исключительно высокая - выше 90, что говорит о высокой доле достоверности правильных ветвей.