Филогенетические деревья: начальные сведения

Отобранные бактерии

Я выбрала следующие виды для описания их родственных связей (в кводратных скобках - краткие мнемонические обозначения видов):

• Bacillus anthracis      [BACAN]
• Clostridium botulinum      [CLOB1]
• Clostridium tetani     [CLOTE]
• Finegoldia magna     [FINM2]
• Lactobacillus acidophilus     [LACAC]
• Lactococcus lactis     [LACLM]
• Listeria monocytogenes     [LISMO]
• Streptococcus pneumoniae     [STRPN]

Скобочная формула дерева

(((CLOTE, CLOB1), FINM2), ((LACAC, (LACLM, STRPN)), (BACAN, LISMO)));

Изображение дерева

Ветви дерева

Ветвь называеся нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента. Наше дерево содержит следующие нетривиальные ветви (5 ветвей):

1. {CLOTE, CLOB1} против {FINM2, LACAC, LACLM, STRPN, BACAN, LISMO}
2. {CLOTE, CLOB1, FINM2} против {LACAC, LACLM, STRPN, BACAN, LISMO}
3. {LACLM, STRPN} против {CLOTE, CLOB1, FINM2, LACAC, BACAN, LISMO}
4. {LACLM, STRPN, LACAC} против {CLOTE, CLOB1, FINM2, BACAN, LISMO}
5. {BACAN, LISMO} против {CLOTE, CLOB1, FINM2, LACAC, LACLM, STRPN}

---

© Elizaveta Besedina, FBB 2012
lizaveta@kodomo.fbb.msu.ru

x