Сбор информации о своем ферменте
Для выданного мне белка P37268 произвелся поиск информации на нескольких поисковых системах. В первую очередь, использовался Uniprot. Фермент является сквален-синтазой, его код в классификации ферментов EC=2.5.1.21. Сквален-синтаза катализирует реакцию конденсации двух молекул фарнезилпирофосфата "голова-к-голове" и образование сквалена. | |
| Реакция, катализируемая сквален-синтазой |
Разберем, что значат цифры кода.
| EC 2 | Трансферазы | Enzyme Nomenclature |
| EC 2.5 | Перенос алкильных или арильных групп, исключая метильную группу. Включае т только 1 подкласс |
Enzyme Nomenclature |
| EC 2.5.1 | Перенос алкильных или арильных групп, исключая метильную группу | Enzyme Nomenclature |
| EC 2.5.1.21 | Сквален синтаза | Enzyme Nomenclature |
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?
Выясним, сколько белков является фкрментами с теми же классами, подклассами и т.д.- 2.*.*.* - 1460 белков
- 2.5.*.* - 43 белка
- 2.5.1.* - 43 белка
- 2.5.1.21 - 1 белок
Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?
С помощью Uniprot были сформированы слкдующие файлы:Среди всех найденных белков (1 743) подкласс и под-подкласс совпадает у 68, а все цифры кода у двух белков.
Проверим, много ли среди белков со сходной функцией гомологичных нашей послдовательности (blastp).
Положим e-value, равный 1. В выдаче обнаружилось две находки с e-value 0.0. Их номера в EC полностью совпадают с EC человеческого фермента. Очевидно, все это указывает на гомологичность этих белков с сохранением функций.
Если увеличить e-value до 10, то находится еще 2 белка с высоким e-value. Соответственно, и EC-номера у них отличаются сильнее. При e-value = 0,86 или 5,7 EC=2.7.10.2 и 2.7.10.1. Собственно, они являются белками с другой функцией - тирозин-киназа или эфриновый рецептор Б-типа.