Страница четвертого семестра

Филогенетическое дерево

В предыдущем задании было составлено филогенетическое дерево некоторых видов бактерий.

Bacillus anthracis [BACAN]
Clostridium botulinum [CLOB1]
Clostridium tetani [CLOTE]
Finegoldia magna [FINM2]
Lactobacillus acidophilus [LACAC]
Lactococcus lactis [LACLM]
Listeria monocytogenes [LISMO]
Streptococcus pneumoniae [STRPN]

Нужно отметить,что клады, по которым рапределяются эти виды актерий, имеют свои таксоны. Так, Bacillus anthracis, Listeria monocytogenes, Lactobacillus acidophilus, Lactococcus lactis и Streptococcus pneumoniae относятся к Bacilli, а Clostridium botulinum, Clostridium tetani и Finegoldia magna объединяются в Clostridia. Все вместе, эти виды относятся к Firmicutes.
Кроме того, внутри Bacilli происходит разделение на Lactobacillales (Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus) и Bacilli (Bacillus, Listeria).

Реконструкция филогенетического дерева

Для всех отобранных бактерий были загружены белковые последовательности фактора терминации транскрипции RF1, которые затем были помещены в один fasta-файл. В программе JalView было получено выравнивание этих белков.

После этого четырьмя различными методами в JalView было получены деревья, сохраненные в формате .nwk и вновь открытые программой MEGA.

А - average distance tree using % Identity; Б - Neighbour Joining using % Identity;
В - average distance tree using BLOSUM62; Г - Neighbour Joining using BLOSUM62

Топология деревьев для рисунков Б, В и Г не отличается от топологии правильного дерева и имеет следующие ветви:

{CLOTE, CLOB1} vs {FINM2, LACAC, LACLM, STRPN, BACAN, LISMO}
{CLOTE, CLOB1, FINM2} vs {LACAC, LACLM, STRPN, BACAN, LISMO}
{LACLM, STRPN} vs {CLOTE, CLOB1, FINM2, LACAC, BACAN, LISMO}
{LACLM, STRPN, LACAC} vs {CLOTE, CLOB1, FINM2, BACAN, LISMO}
{BACAN, LISMO} vs {CLOTE, CLOB1, FINM2, LACAC, LACLM, STRPN}

Дерево, представленное на рисунке А, отличается от правильного одной ветвью. В верном случае должна присутствовать {LACLM, STRPN, LACAC} vs {CLOTE, CLOB1, FINM2, BACAN, LISMO}, вместо нее же наблюдается ветвь {LACLM, STRPN, LISMO, BACAN} vs {LACAC, CLOTE, CLOB1, FINM2}.

В программе MEGA дерево было реконструировано методом Maximum Parsimony. Отличий от правильного дерева нет.

Филогенетические деревья: начальные сведения

Филогенетическое дерево

Реконструкция филогенетического дерева