DSSP
С помощью dssp онлайн-сервера была предсказана вторичная структура белка 3HQ2. Файл с выдачей программы лежит здесь.Сравним выдачу алгоритма с файлом PDB. Для этого определим соответствия между границами вторичной структуры (2 альфа-спирали и 2 β-тяжа) для dssp и pdb.
| Тип вторичной структуры | Границы в dssp | Границы в PDB |
| Спираль | 36-59 | 39-60 |
| Спираль | 352-367 | 355-372 |
| Тяж | 229-231 | 229-231 |
| Тяж | 237-241 | 237-241 |
Границы для β-тяжей определены очень точно (то есть одинаково с данными в PDB-файле), в то время как альфа-спирали определяются по-разному. Так, процент совпадающих остатков составляет 84% (для первой спирали) и 62% (для второй спирали).
SheeP
С помощью программы SheeP была построена карта β-листа в цепи A. |
| Рис. 1. Карта β-листа для структуры 3HQ2 |
β-лист состоит из трех тяжей; детальную структуру можно увидеть на рисунках 2,3. Хребты на рисунке 3 соответствуют столбцу на карте бета-листа (рис. 1).
 |  |
| Рис. 2.β-лист структуры 3HQ2 | Рис. 3.β-лист структуры 3HQ2 с красными хребтами |
Ориентирован β-лист одной стороной к одной субъединице, а другой стороной - к щели между двумя суюъединицами. На карте с рисунка 1 красные столбцы соответствуют стороне, обращеннной к гидрофобному ядру, желтая - к щели.
 |
| Рис. 4. Расположение β-листа относительно гидрофобного ядра |
Карта водородных связей β-листа представлена на рисунке 5.
 |
| Рис. 5. Карта водородных связей |
 |
| Рис. 6. Водородные связи, выявленные с помощью средств pymol |
Данная карта содержит нерегулярности (buldes), наблюдаемые, например, в левом верхнем углу карты (рис. 5) или правом нижнем визуализации в pymol (рис. 6).
© Elizaveta Besedina, FBB 2012
lizaveta@kodomo.fbb.msu.ru