5. Найдите гидрофобные кластеры в структуре какого-либо белка
В структуре белка 3HQ2 были определены гидрофобные кластеры с помощью программы Clud.| Distance threshold - 5.4 | Distance threshold - 4.5 | |
| clusters not smaller 10 |  |  |
| clusters not smaller 3 |  |  |
Видно, что даже при ужесточении условий (минимальное число атомов в кластере и максимальное расстояние между атомами) гидрофобные ядра хоть и уменьшаются в размере, но все равно покрывают большую часть белка. Фактически, весь белок состоит из множества гидрофобных спиралей (рис. 1).
|
| Рис. 1. Cтруктура 3HQ2 |
Так как этот белок - гомодимер, каждая субъединица которого является отдельным доменом (по классификации Pfam), то можно утверждать, что гидрофобный кластер соответствует одному домену-субъединице. Тем не менее, субъединицы настолько сильно близко расположены друг к другу, что гидрофобное ядро сложно четко разделить на 2. Это говорит о том, что гидрофобными взаимодействиями в большей части обусловлены контакты этих субъединиц.
Кроме того, гидрофобные контакты важны и при взаимодействии белка с ДНК (рис. 2). Две цепи комплекса транскрипционнного репрессора Simr формируют гидрофобные ядра, вовлеченные в контакт с гидрофобными участками ДНК
|
| Рис. 2. Cтруктура 3ZQL |
© Elizaveta Besedina, FBB 2012
lizaveta@kodomo.fbb.msu.ru