7. Получение изображений поверхностей контактов
Для комплекса димера пуринового репрессора 1JH9 с использованием средств pymol были получены следвующие изображения.
|
| Рис. 1. Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера |
|
| Рис. 2. Поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт |
|
| Рис. 3. Поверхность контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали |
8. Изображение гидрофобных поверхностей (CluD)
С помощью сервиса Clud были определены (находятся в файле rasmol)атомы остатков, формирующих гидрофобные ядра (параметры: distance threshold – 5 Å, минимальное количество атомов в яде - 10). Те атомы, что входят в гидрофобные ядра и формируют поверхность контакта с соседним мономером белка, выделены красным.
|
| Рис. 4. Поверхность контакта димера белков с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера |
© Elizaveta Besedina, FBB 2012
lizaveta@kodomo.fbb.msu.ru