9. Для какого-нибудь белка с известной структурой найдите границы доменов согласно различным классификациям. Опишите и прокомментируйте различия.
Для задания была выбрана структура 1L7V. Это бактериальные ABC-транспортер, участвующий в поглощении витамина B12 из окружающей среды.
|
| Рис. 1. Cтруктура 1L7V |
Pfam определяет в белке 2 домена: FecCD в цепях А и В и ABC_tran в цепях С и D.
|
| Рис. 2. Доменная структура 1L7V |
Другие сервисы, помимо Pfam - SCOP, ECOD и CATH определяли границы доменов не всегда так же.
Таблица 1. Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
| БД | Домен | Границы |
| Pfam | FecCD | A & B:22-323 |
| ABC_tran | C & D:16-162 | |
| SCOP | d1l7v(a/b) | A & B |
| d1l7v(c/d) | C & D | |
| ECOD | e1l7v(A/B)1 | A & B: 1-324 |
| e1l7v(C/D)1 | S & D: 2-232 | |
| CATH | 1l7v(A/B)00 | A & B: 2-324 |
| 1l7v(C/D)00 | C & D: 2-231 |
Как видно, кажда цепь вся или практически вся определяется водин из двух доменов. Самые короткие границы доменов указывает Pfam.
© Elizaveta Besedina, FBB 2012
lizaveta@kodomo.fbb.msu.ru