10. Скрипт по скачиванию pdb-файла по идентификатору модели
Скрипт .py Для работы скрипта могут понадобиться библиотеки urllib.request. Предназначен для Python 3.4 (по крайней мере тестировался на нем)12. Скачайте все последовательности белков, структуры которых определенны при помощи метода электронной микроскопии, в виде одного FASTA файла. Используйте Advances search
С помощью Advaneced Search на сайте PDB были скачаны последовательности всех белков, определенных с помощью метода электронной микроскопии (Experimental Method, ELECTRON MICROSCOPY). Было определено 924 таких последовательности - в файле.13. Сравните список структурных гомологов, определенных для вашего белка программой PDBeFold с таким же списком из программы jFATCAT. Последний список есть прямо на странице PDB
Для моего белка 3HQ2 на сайте PDB не было найдено структурных гомологов. Было предложено посмотреть стуктурные гомологи для белка 3HOA, который больше чем на 40% идентичен моему.Для предложенного белка 3HOA нашлось 14 структурных гомологов, определенных программой jFATCAT на сайте PDB, и 17 гомологов, определенных с поомощью PDBeFold. Многие гомологи были разными цепями одного белка. Два белка-гомолога совпали в том и в другом списке: 3DWC и 1K9X.
© Elizaveta Besedina, FBB 2012
lizaveta@kodomo.fbb.msu.ru