1. Структура белка

На сайте PDB под индетификатором 3LEZ записана молекула бета-лактамазы бактерии Oceanobacillus iheyensis. У этого белка только 1 цепь (А-цепь). Биологическая система представлена 1 А-цепью.

Uniprot_id: Q8EMP8. Белок выполняет каталитическую активность: использую бета-лактам и воду он создает замещенную бета-аминокислоту. Мутаций и модифицированных аминокислотных остатков нет. Во вторичной структуре преобладают альфа-спирали.

3LEZ
Рис.1 Белок 3LEZ
3LEZ 2s
Рис. 2 Вторичная структура 3LEZ

Малые молекулы:

  1. 4-(2-гидроксиэтил)-1-пиперазин этансульфокислота (EPE)
  2. Ион кальция (CA)
  3. Ион хлорида (CL)
  4. Молекула воды (HOH)

Больше информации про малые молекулы тут

ligant
Рис. 3 Лигант EPE

2. Связи в белке

Hyd-bs
Рис. 4 Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка
Hyd-lt
Рис. 5 Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот
S-S
Рис. 6 Дисульфидная связь (в белке не было цитозина)
Стекинг
Рис. 7 Стекинг
Солевой мостик
Рис. 8 Солевой мостик