1. Протеомы
Для этого задания я выбрала протеом бактерии Leptospira interrogans, который, как и моя бактерия Leptospira tipperaryensis, является паразитом. В качестве сравнения я использовала протеом бактерии-сапротрофаLeptospira biflexa. [1]
Оба протеома референсных, они имеют достаточно мало белков в базе Swiss-Prot, однако их качество по CPD (оба Standart) и по BUSCO достаточно высокое, поэтому я решила выбрать их.
Name: Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar Lai (strain 56601)
Proteome ID: UP000001408
Protein count: 3,676
Swiss-Prot: 386
CPD: Standart
BUSCO: C:100% (S:100% D:0%), F:0%, M:0%
Name: Leptospira biflexa serovar Patoc (strain Patoc 1 / ATCC 23582 / Paris)
Proteome ID: UP000001847
Protein count: 3,723
Swiss-Prot: 202
CPD: Standart
BUSCO: C:98.3% (S:98.3% D:0%), F:1.7%, M:0%
2. Сравнение протеомов по группам белков
Это задание я выполняла в Bash. Для того, чтобы узнать сколько трансмембранных белков содержится в протеомах я использовала команды:
zgrep 'Transmembrane {ECO' UP000001408.swiss.gz | wc -l
zgrep '^KW' UP000001847.swiss.gz | grep 'enzyme' | wc -l
(proteome:UP000001847) AND (cc_function:enzyme)
В качестве функциональной группы я выбрала белки LigA, LigB и LigC, которые встречаются у патогенных видов семейства Leptospiraceae [2]. Это я проверяла на сайте UniProt:
(proteome:UP000001408) AND (LigA OR LigB OR LigC)
| Белки | Leptospira interrogans | Leptospira biflexa |
|---|---|---|
| Траснмембранные | 771 (20,97%) | 845 (22,70%) |
| Ферменты | 21 (0,57%) | 19 (0,51%) |
| LigA, LigB и LigC | 4 (0,11%) | 2 (0,05%) |
3. Сравнение протеомов по...
Я решила проверить первые аминокислоты в белках протеомов. Для этого я использовала код в питоне. Как ни странно, оказалось, что все белки в обоих протеомах начинаются с метионина:
{'M': 3723}
{'M': 3676}
4. Список литературы:
- Antony T. Vincent ,Olivier Schiettekatte, et al. Revisiting the taxonomy and evolution of pathogenicity of the genus Leptospira through the prism of genomics. PLoS Negl Trop Dis. 2019 May; 13(5): e0007270. doi: 10.1371/journal.pntd.0007270
- Karen V Evangelista and Jenifer Coburn. Leptospira as an emerging pathogen: a review of its biology, pathogenesis and host immune responses. Future Microbiol. 2010 Sep; 5(9): 1413–1425. doi: 10.2217/fmb.10.102