1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Holliday junction branch migration complex subunit RuvA	RUVA_ECOLI	RUVA_BACSU	291.0	34.0%	54.5%	14	6
6-phosphogluconate dehydrogenase	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	1718.0	70.0%	83.4%	3	3
Putative regulator AbrB (ABRB_BACSU - Transition state regulatory protein AbrB)	ABRB_ECOLI	ABRB_BACSU	5.0	0.5%	0.9%	420	2

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Holliday junction branch migration complex subunit RuvA	RUVA_ECOLI	RUVA_BACSU	291.0	34.1%	54.8%	13	5	100,00%	99,50%
6-phosphogluconate dehydrogenase	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	291.0	70.1%	83.6%	3	3	99,79%	99,79%
Putative regulator AbrB (ABRB_BACSU - Transition state regulatory protein AbrB)	ABRB_ECOLI	ABRB_BACSU	27.0	36.4%	81.8%	0	0	3,16%	11,46%

3. Выравнивание неродственных белков

Я взяла белки YAIO_ECOLI (Outer membrane protein YaiO) и YORX_BUCSO (SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YorX)

ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
YAIO_ECOLI	YORX_BUCSO	33.0	28.2%	46.2%	8	1	12,06%	52%

ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
YAIO_ECOLI	YORX_BUCSO	18.0	5.9%	11.1%	208	5

4. Множественное выравнивание

Для этого задания я выбрала белки с мнемоникой RUVA. Всего в Swiss-Prot белков с такой мнемоникой 720. Я решила рассмотреть белки: RUVA_PHOPR, RUVA_PSEAE, RUVA_MANSM, RUVA_VIBVY и RUVA_YERPE. Выравнивала я с помощью программы Jalview.

Как оказалось, все белки кроме 6PGD_BACSU довольно похожи и имеют довольно много индентичных участков. Например, первые 2 аминокислоты совпадают у всех 7 белков, дальше уже у 6 (кроме 6PGD_BACSU) одинаковы участки: 11-15 аминокислоты, 53-57 и 59-63 (58 аминокислота совпадает у 4 из 6), 79-85, 114-124. Последний участок самый консервативный, так как даже у 6PGD_BACSU есть похожий участок 111-118 (сдвиг произошел из-за делеции). При этом участок 135-160 можно назвать наименее консервативным. Выравнивание можно найти здесь.