Мини-обзор генома бактерии Euzebya pacifica

1 Введение

Euzebya pacifica — вид грамположительных, аэробных, хемоорганотрофных, палочковидных и не образующих спор бактерий, выделенный в 2021 году [1]. Название связано с Тихим океаном, из которого был изолирован типовой штамм [1]. Колонии розового цвета, оптимально растут при температуре 30–35 °C, концентрации хлорида натрия 1–2 % и pH 6,5. Вид Euzebya pacifica может расти без хлорида натрия [2].

Систематическое положение Euzebya pacifica

2 Методы

Файл CDS, содержащий кодирующую последовательность ДНК, таблица локальных особенностей feature table и таблица переведенных CDS. Анализ данных, создание сводных таблиц и гистограмм были осуществлены с помощью электронных таблиц Google Sheets: с помощью файла CDS была создана гистограмма, показывающая количество длин белков на различных интервалах, гистограмма GC% генов (см. сопроводительные материалы 1). С помощью файла Feature table была создана гистограмма распределение межгенных промежутков и диаграммы распределения белок-кодирующих последовательностей между + и - цепями (см. сопроводительные материалы 2).

3 Результаты

3.1 Распределение длин белковых продуктов, закодированных в геноме бактерии Euzebya pacifica.

Гистограмма показывает распределение длин белков по различным диапазонам значений, закодированных в геноме бактерии Euzebya pacifica (рис.1), видно, что по горизонтали указаны диапазоны длин, а по вертикали — количество белков в каждом диапазоне. Наиболее часто встречающиеся длины находятся в диапазоне 100-150. Далее количество уменьшается.

3.2 GC состав генома бактерии Euzebya pacifica.

Гистограмма представляет собой распределение количества белков в зависимости от их GC-состава (рис.2). Наибольшее количество белков наблюдается в диапазоне 71-73 с постепенным увеличением от более низких диапазонов и последующим уменьшением после пика.

3.3 Длина (в нуклеотидах) между кодирующими последовательностями (CDS)

При анализе генома бактерии исследовали расстояния между соседними генами (рис. 3). Было обнаружено много случаев, когда гены расположены очень близко друг к другу или даже перекрываются. Это свидетельствует об оперонной организации генома, характерной для прокариот [3]. Оперонная организация генома — это принцип организации генов у прокариот, при котором несколько генов объединяются в единую функциональную единицу - оперон [4]. Она позволяет последовательно кодировать белки и регулировать транскрипцию генов [4].

3.4 Распределение белок-кодирующих последовательностей между + и - цепями

Исходя из полученных диаграмм (рис. 4 и рис. 5), видно, что на хромосоме гены на + и - цепочках распределены относительно равномерно, поскольку доля генов на + цепи составляет около 49%. На плазмиде прослеживается перевес генов в пользу + цепи 61%, что указывает на выраженную асимметричную структуру плазмиды.

Сопроводительные материалы

Литература