← Назад

Практикум №9: Выравнивание последовательностей

Дата выполнения: 19 апреля 2026

1. Программа подсчёта инделей

Написана программа на Python (~/term2/indels/indels.py), которая анализирует файл выравнивания и считает количество инделей (непрерывных блоков гэпов) в каждой последовательности.

2. Глобальное выравнивание (needle)

Белок	ID 1	ID 2	Identity	Indels
GroEL	CH60_ECOLI	CH60_BACSU	61.5%	1
DnaK	DNAK_ECOLI	DNAK_BACSU	55.4%	1
РНК-полимераза β	RPOB_ECOLI	RPOB_BACSU	42.5%	3

3. Локальное выравнивание (water)

Белок	Identity	Indels	Coverage
GroEL	61.7%	0	~99%
DnaK	55.8%	1	~98%
РНК-полимераза β	43.7%	1	~73%

4. Неродственные белки

Взяты белки с разными функциями: EFTS_ECOL6 (фактор элонгации) и DNAK_BACSU (шаперон). Результаты:

Выравнивание	Identity	Gaps
Глобальное (needle)	10.8%	384
Локальное (water)	25.9%	61

Вывод: белки неродственны (низкий % идентичности, много гэпов).

5. Множественное выравнивание

Для мнемоники CH60 (шаперонин GroEL) найдено 34 белка в Swiss-Prot. Выбраны 5 дополнительных:

CH60_HUMAN (человек)
CH60_MOUSE (мышь)
CH60_RAT (крыса)
CH60_CHICK (курица)
CH60_ENTAG (бактерия Pantoea)

Выравнивание выполнено в Jalview (Clustal Omega). Скачать проект Jalview

Выводы: Белки хорошо выровнялись по всей длине. Наиболее консервативные участки соответствуют доменам связывания АТФ. У эукариот есть дополнительный N-концевой участок (митохондриальный сигнал).

← Назад к списку работ