Практическая работа №7: Работа с базами данных UniProt

Для поиска белков Euzebya pacifica я использовала расширенный поиск на сайте UniProt с запросом: organism:"Euzebya pacifica". Всего было найдено несколько сотен записей. Я выбрала белок A0A346XSX4 (аспартат-полуальдегиддегидрогеназа), так как он имеет хорошую аннотацию.

Название: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase → аспартат-полуальдегиддегидрогеназа

Функция: Катализирует NADPH-зависимое образование L-аспартат-полуальдегида из L-аспартил-4-фосфата.

Длина: 352 аминокислоты

Молекулярная масса: 37293 Да

Структура: Функционирует как гомодимер. Содержит NAD(P)-связывающий домен (положения 11-127).

Активный сайт: остатки Cys138 (ацил-тиоэфирный интермедиат) и Glu263 (протонный акцептор).

Участвует в биосинтезе: лизина (DAP путь), треонина, метионина.

Вывод: Отсутствие других белков в кластерах UniRef100 и UniRef90 говорит о том, что данная последовательность аспартат-полуальдегиддегидрогеназы уникальна для Euzebya pacifica и не имеет близких гомологов в других организмах. Но наличие 59 гомологов в кластере UniRef50 указывает на то, что белок имеет отдалённых гомологов у других бактерий, т.к фермент участвуют в фундаментальном метаболическом пути.

Запрос: protein_name:"Aspartate-semialdehyde dehydrogenase" AND organism_id:2

Результат: Несколько сотен записей

Вывод: Фермент широко распространён среди бактерий, что подтверждает его важную роль в метаболизме.

Запрос: go:0003942 AND reviewed:true

Результат: 421 запись

Вывод: GO-термин 0003942 соответствует аспартат-полуальдегиддегидрогеназной активности. 421 проверенный белок в Swiss-Prot имеют такую же молекулярную функцию.

Запрос: (taxonomy_id:1608957) AND (keyword:KW-0143)

Результат: 25 записей

Вывод: У Euzebya pacifica найдено 25 белков-шаперонов, что характерно для бактерий, адаптированных к различным условиям среды.