Домены

Описание домена Rubisco Assembly chaperone C-terminal domain

Некоторые формальные данные

Домен я выбрала случайно так, чтобы он подходил по параметрам seed и full и его описание было мне относительно понятно.
AC: PF18087
ID: RuBisCo_chap_C
Название: Rubisco Assembly chaperone C-terminal domain
seed: 85
full: 334
число доменных архитектур: 8
3D-структуры: 19

Функция домена

С-концевой домен (β-домен) белка RuBsiCo Assembly Chaperone (Raf1). Этот домен образует промежуточные комплексы с RbcL, предшествующие синтезу RuBisCo (RuBisCo - гексадекадимер, состоит из 8 больших субъединиц RbcL, кодируемых хлоропласты геномом, и 8 малых судъединиц RbcS, кодируемых ядром). Также β-домен имеет функцию димеризации для образования полимеров вида Raf1₂-RbcL₂ и Raf1₈-RbcL₈. β-домены связываются вокруг экватора с каждым димером RbcL, чтобы вместе с α-доменом Raf1 образовать октамеры, необходимые для синтеза RuBisCo.

3D структура

В 3D структуре домена можно выделить общие закономерности, но четкой структуры (например, одинаковое количество α-спиралей и β-листов в однозначном порядке). 8-10 листов и 2-4 спирали между ними, длина 138 АК.

Таксономическая распространенность

Домен, очевидно, может быть представлен только у фотосинтезирующих организмов (путем С3-фотосинтеза). Это могут быть цианобактерии, высшие растения и водоросли. Так и есть.

Таблица 1. Распределение встречаемости домена

Superkingdom	Kingdom	Species	Sequences
Eukaryota	Viridiplantae	128	165
Eukaryota	Uncategorised eukaryote	32	42
Bacteria	- (phylum Cyanobacteria)	55	55
Bacteria	Uncategorised bacterium	72	72

Domain architecture

Домен RuBisCo_chap_C выделен синим. Очевидно, что большое количество белков будут содержать другие домены белка Raf1. Среди представленных это Raf1_N (N-концевой / α-домен белка Raf1, который вместе с β-доменом участвует в сборке RuBisCo) и Raf1_HTH. 304 последовательности из 334 (91,02%) содержат эти три домена. 19 последовательностей (5,69%) содержат только домен BisCo_chap_C.

Описание выравнивания seed

Ссылка на выравнивание seed

Above identity threshold

Ссылка на identity 100%. Ссылка на identity 90%. Ссылка на identity 50%. Будем менять настройки modify identity threshold. При 100% абсолютно консервативной является только 1 АК пролин в 66 позиции. При переводе на 90% появляется 12 АК, при переводе на 50% - 63 АК.

Максимальные достоверные блоки

В позиции 124-129 (длиной 6)

В позиции 62-66 (длиной 5)

В позиции 201-205 (длиной 5)

Недостоверные блоки

Данные блоки содержат большое количество гэпов и вариабельных АК (в них совсем нет достоверных подблоков). По ним можно сказать, что данные блоки маловероятно отображают ход эволюции.

87-98

102-122 (Включает в себя 117 АК, которая выбивается из всех остальных: в этой позиции находятся либо гэпы, либо АК одной функциональной группы)

148-162

171-190

Максимальный достоверный блок, включающий не все позиции

Можно выделить крупный достоверный блок для 43 последовательностей из 85. Он находится в позиции 62-86. Однако в позиции 77-78 у всех последовательностей находятся гэпы, но очевидно, что при выравнивании только этих 43 последовательностей гэпов не будет и это будет цельный блок.

Вывод о выравнивании

Гомология последовательностей наиболее полно отражена в самом начале и в самом конце выравнивания. При этом внутри выравнивания (примерно в середине) находятся консервативные блоки, по которому также можно судить о гомологии последовательностей.