Выравнивание последовательностей

Глобальное парное выравнивание

С помощью python нашла совпадающие мнемоники у белков Escherichia coli (strain K12) и Bacillus subtilis (strain 168). Из всех (789) совпадений я выбрала 3 случайные - LEPA, BIPA и BIOB.

С помощью needle с параметрами по умолчанию (-auto).

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
50S ribosomal subunit assembly factor BipA	BIPA_ECOLI	BIPA_BACSU	1746.0	53.9%	74.0%	5	2
Biotin synthase	BIOB_ECOLI	BIOB_BACSU	470.0	28.5%	49.1%	69	9
Elongation factor 4	LEPA_ECOLI	LEPA_BACSU	1901.0	56.9%	77.0%	13	3

Локальное парное выравнивание

С помощью python нашла совпадающие мнемоники у белков Escherichia coli (strain K12) и Bacillus subtilis (strain 168). Из всех (789) совпадений я выбрала 3 случайные - LEPA, BIPA и BIOB.

С помощью water с параметрами по умолчанию (-auto).

Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
50S ribosomal subunit assembly factor BipA	BIPA_ECOLI	BIPA_BACSU	1751.0	54.9%	75.2%	0	0	99,0%	98.2%
Biotin synthase	BIOB_ECOLI	BIOB_BACSU	477.5	35.0%	59.9%	6	5	84.7%	86.3%
Elongation factor 4	LEPA_ECOLI	LEPA_BACSU	1901.0	58.3%	78.9%	1	1	99.5%	97.5%

Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Выбрала мнемонику TOP1 для ECOLI и MOAA для BACSU. Результаты приведу в одной таблице: 1ая строка - для глобального выравнивания needle, 2ая - локального water.

Таблица 3. Характеристики парного выравнивания неродственной пары белков

ID 1 and name	ID 2 and name	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
TOP1_ECOLI DNA topoisomerase 1	MOAA_BACSU GTP 3',8-cyclase	50.0	9.3%	14.4%	624	25	100.0%	100.0%
		56.5	25.0%	34.4%	55	12	16.5%	47.5%

Множественное выравнивание

Множественное выравнивание построю для белка с мнемоникой LEPA. RecName - Elongation factor 4. В Swiss-Prot нашлось 705 белков с мнемоникой LEPA. Выравнивание строила для следующих белков: LEPA_ECOLI, LEPA_BACSU, LEPA_BURMS, LEPA_YERPP, LEPA_MYCAP, LEPA_FLAPJ и LEPA_SHEHH.

Ссылка на выравнивание тут

По выравниванию ( :) ) видно, что белки гомологичны. В выравнивании есть довольно большое количество крупных консервативных участков: 14-33, 49-65, 96-176 (есть не совсем консервативные столбцы, но в целом участок длинный и консервативный), 196-218, 344-369, 460-484, 530-606. Консервативных участков много и они очень крупные, поэтому можно сказать, что белки гомологичны.