Практикум 11

Гомология и выравнивание

Описание семейства

AC: PF00284

ID: Cytochrom_B559a

Name: Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit

Seed: 37

Full: 409

Number of domain architectures: 14

Функция: Цитохром B559а является важным компонентом Фотосистемы II (PSII). Он входит в состав ядра реакционного центра PSII, представляет собой гетеродимер (состоит из одной альфа-субъединицы, одной бета-субъединицы и кофактора). Является окислительно-восстановительным белком, однако вряд ли участвует в первичном транспорте электронов в PSII из-за очень медленной кинетики фотоокисления и фотовосстановления. Но он может участвовать во вторичном пути переноса электронов, который помогает защитить PSII от фотоповреждений. Так же Цитохром B559а необходим для сборки Фотосистемы II.

Таксономическая распространенность домена:

Домен Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit встречается как у Эукариот, так и у Бактерий. Среди Eukaryota он есть у представителей подцарства Viridiplantae (Зеленые растения), группы Streptophyta(Высшие растения), классов Lycopodiopsida (Плауновые), Bryopsida (Листостебельные мхи), Magnoliopsida (Двудольные растения)(в нем это домен больше всего представлен)

Среди Bacteria он есть у отдела Cyanobacteria(Цианобактерии), отряда Synechococcales (Цианобактерии)

picture
Рис.1. Роспространённость

Описание выравнивания seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

Наблюдения проводились с помощью понижения порога identity. Как мы можем заметить, чем ниже порог, тем больше окрашенных участков (проект можно посмотреть по ссылке ).

Вот такие выводы можно сделать:

1) В данном выравнивании максимально достоверных блоков, которые содержат все последовательности 11. Блоки 1-4, 7, 9-11, 14, 23 и 28.

picture
Рис.2. Порог identity 100%
picture
Рис.3. Порог identity 90%
picture
Рис.4. Порог identity 70%
picture
Рис.5. Порог identity 50%

2) Максимально достоверные блоки 6 и 8, которые содержат 36 из 37 последовательностей.

3) Участок выравнивания 36-37, маловероятно отражает ход эволюции, потому что на нем нет достоверных подблоков.

Подводя итоги можно сказать, что данное выравнивание почти на всех участках отображает гомологию последовательностей, за исключением участков 18, 27, 30, 34 и 36-39.