Пространственная структура белка 3ATQ

Структура в целом

Макромолекула Геранилгеранилредуктаза (GGR) с pdb_id 3ATQ представлена 1 полимерной цепью, является белком. Биологическая единица идентична ассиметрической. В одну биологическую единицу входит 1 цепь.

picture
Рис.1. Общий вид структуры
picture
Рис.2. Ассимеричный вид

Отдельные цепи

Данная полипептидная цепь относится к Sulfolobus acidocaldarius (Это термоацидофильный археон, относящийся к типу Thermoproteota). Её uniprot_id Q4JA33. Белок называется Дигеранилгеранилглицерофосфолипидредуктаза (Digeranylgeranylglycerophospholipid reductase).

Её функции:

1. Участвует в редукционировании 2,3-дигеранилглицерофосфолипидов (ненасыщенных археолов) в 2,3-дифитанилглицерофосфолипиды (насыщенные археолы) в биосинтезе липидов архейной мембраны

2. Катализирует образование архетинидной кислоты

3. Катализирует полное восстановление 3-O-геранилгеранилглицерилфосфата (GGGP) до 3-O-фитанилглицерилфосфата

Относительно референса из Uniprot есть 1 мутация. В составе цепи модифицированных аминокислотных остатков нет. Ссылка на Uniprot: Q4JA33

picture
Рис.3. Раскраска по типу вторичной структуры (розовые - бета-тяжи, бирюзовые - альфа-спирали)

Альфа-спиралей в данном белке больше, чем бета-тяжей на 3 штуки. Количество альфа-спиралей - 21, бета-тяжей - 18

Малые молекулы

В записи присутствуют 2 малые молекулы: DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE (FDA) и TETRADECANE (C14) (Файл с их координатами) Малые молекулы связаны с выполнением функции белка. Они участвуют в реакционном цикле Sa-GGR

picture
Рис.4. DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE (FDA)
picture
Рис.5. TETRADECANE (C14)

picture
Рис.6. Белковое окружение FDA
picture
Рис.7. Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка
picture
Рис.8. Солевой мостик
picture
Рис.9. Стекинг
picture
Рис.10. Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот
picture
Рис.11. Дисульфидная связь

Ссылки на используемые статьи

Structure and Mutation Analysis of Archaeal Geranylgeranyl Reductase Author links open overlay panel Daisuke Sasaki 1 †, Masahiro Fujihashi 1 †, Yuki Iwata 2, Motomichi Murakami 2, Tohru Yoshimura 2, Hisashi Hemmi 2, Kunio Miki 1 doi:10.1016/j.jmb.2011.04.002