Nikishina, Term 2

Пространственная структура белка 3ATQ

Структура в целом

Макромолекула Геранилгеранилредуктаза (GGR) с pdb_id 3ATQ представлена 1 полимерной цепью, является белком. Биологическая единица идентична ассиметрической. В одну биологическую единицу входит 1 цепь.

Отдельные цепи

Данная полипептидная цепь относится к Sulfolobus acidocaldarius (Это термоацидофильный археон, относящийся к типу Thermoproteota). Её uniprot_id Q4JA33. Белок называется Дигеранилгеранилглицерофосфолипидредуктаза (Digeranylgeranylglycerophospholipid reductase).

Её функции:

1. Участвует в редукционировании 2,3-дигеранилглицерофосфолипидов (ненасыщенных археолов) в 2,3-дифитанилглицерофосфолипиды (насыщенные археолы) в биосинтезе липидов архейной мембраны

2. Катализирует образование архетинидной кислоты

3. Катализирует полное восстановление 3-O-геранилгеранилглицерилфосфата (GGGP) до 3-O-фитанилглицерилфосфата

Относительно референса из Uniprot есть 1 мутация. В составе цепи модифицированных аминокислотных остатков нет. Ссылка на Uniprot: Q4JA33

**Рис.3.** Раскраска по типу вторичной структуры (розовые - бета-тяжи, бирюзовые - альфа-спирали)

Альфа-спиралей в данном белке больше, чем бета-тяжей на 3 штуки. Количество альфа-спиралей - 21, бета-тяжей - 18

Малые молекулы

В записи присутствуют 2 малые молекулы: DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE (FDA) и TETRADECANE (C14) (Файл с их координатами) Малые молекулы связаны с выполнением функции белка. Они участвуют в реакционном цикле Sa-GGR

**Рис.4.** DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE (FDA)

**Рис.7.** Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка

**Рис.10.** Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот

Ссылки на используемые статьи

Structure and Mutation Analysis of Archaeal Geranylgeranyl Reductase Author links open overlay panel Daisuke Sasaki 1 †, Masahiro Fujihashi 1 †, Yuki Iwata 2, Motomichi Murakami 2, Tohru Yoshimura 2, Hisashi Hemmi 2, Kunio Miki 1 doi:10.1016/j.jmb.2011.04.002