Практикум 1

Химическое строение нуклеиновых кислот

С помощью программы MarvinSketch были изображены 2'-дезоксигуанозиндифосфат, 2'-дезокситимидинмонофосфат, уридин и псевдоуридин. Красным выделены атомы, связанные N-гликозидной связью. Пронумерованы атомы остатков азотистых оснований и сахара.

Ниже приведено изображение двухцепочечной ДНК. Красным цветом выделены остатки фосфорилированных сахаров. Подписаны основания и 5', 3' концы.

Файл со всеми изображениями можно скачать по ссылке

Каноническая пара и все неканонические пары для гуанина

В канонической паре GC реализуются все 3 водородные связи. Поэтому, по эволюционной логике, оно является наиболее устойчивым

Для пары GU реализуются 2 водородные связи. На мой взгляд, возможны 2 способа взаимодействия, стоит заметить, что и в первом, и во втором случае, уридин смещен относительно сахарного остова. Поэтому я предполагаю, что взаимодействие будет не очень устойчивым, хоть и будет существовать.

Для такой пары тоже реализуются 2 водородные связи, однако смещение происходить не будет, как в паре GU, поэтому, я предполагаю, что такая связь будет второй по устойчивости (после канонической). Также можно предположить, что мутационные замены C - A будут частыми.

Взаимодействие GG не будет устойчивым, потому что там реализуется только 1 водородная связь. Мутационные замены G напротив G будут редкими.

Файл со всеми парами для гуанина можно скачать здесь