Практикум 10

Парное выравнивание геномов

Сначала я решила выбрать организмы из одного семейства, но разных подсемейств. Взяла митохондриальные геномы Большой панды (Ailuropoda melanoleuca) [ EF212882.1] и Бурого медведя (Ursus arctos) [AF303110.1]. Однако, карты локального сходства, потороенные Megablast и blastn, не различаются. Это связано с тем, что митохондриальные геномы эукариот очень похожи, трудно найти различия.

Выравнивание начинается с ~500 нуклеотидов, также в начале можно видеть дупликацию. Далее выравнивания полностью схожи.

Далее было принято решение сравнивать абсолютно разные организмы. Были взяты митохондриальные геномы Большой панды (Ailuropoda melanoleuca) [EF212882.1] и Сазана (Cyprinus carpio) [X61010.1]

По результатам работы Megablast видно, что на представленных участках находятся гены рРНК и тРНК (это же можно найти в записи о митохондриальном геноме панды и сазана с NCBI). Без их исправной работы, трансляция будет идти не так, как должна, поэтому эти участки считаются наиболее консервативными во всем митохондриальном геноме. Другие участки оказались недостаточно похожими, поэтому Megablast не отметил их как схожие.

По результатам работы blastn мы можем видеть, что геномы почти полность совпадают. Выравнивание митохондриального генома панды начинается с ~1300 нуклеотидов, в промежутке до начала выравнивания располагается D-петля. В геноме сазана её нет. Есть два крупных неконсервативных участка: первый (~9200-9600) связан с 6 и 8 субъединицами АТФ-синтазы F0, второй (~14800-15400) связан с 6 субъединицей NADH-дегидрогеназы.