На главную страницу второго семестра

Описание документа InterPro, содержащего информацию о C-концевом домене белка FHUA_ECOLI

   Приведено описание документа, соответствующего C-концевому домену белка (ТонБ-зависимого рецептора), поскольку в базе данных InterPro отсутствует документ с описанием N-концевого домена Plug.

Подписи, использовавшиеся при создании документа

Название базы данных Идентификатор документа Имя подписи Число белков с данной подписью
Pfam PF00593 TonB_dep_Rec 1730

Описание отношений родства с другими подписями

   Белки, в которых обнаружена подпись IPR000531, также могут содержать и другие подписи InterPro. На рисунке представлены диаграммы, отражающие количества белков, по которым перекрываются подписи, причём приведены только подписи, для которых доля перекрывания по количеству белков более 70%. Для одной из подписей приведено среднее число перекрывания домена или мотива по аминокислотам с доменом, описанным в документе IPR000531.


   По данным, изображённым на рисунке, можно сделать вывод о том, что подписи IPR000531 удовлетворяет довольно большой класс белков, включающий почти все белки, в которых обнаружены родственные подписи. Лишь две подписи содержат по одному белку, не описанному IPR000531.

Описание всех известных подписей в белке FHUA_ECOLI, собранных в базе данных InterPro

Положение мотивов в последовательности белка FHUA_ECOLI

   Банк интегрированной базы данных InterPro содержит 4 подписи, относящиеся к белку FHUA_ECOLI. На рисунке представлены положение мотивов, соответствующих им в аминокислотной последовательности белка. Далее приведена таблица, содержащая информацию об этих подписях.

Подписи белка FHUA_ECOLI

Название подписи Положение в последовательности FHUA_ECOLI (номера а.о.) Полное название базы данных Название организации, поддерживающей данную БД.
Город и страна
TonB_dep_Rec 510–747 Pfam Wellcome Trust Sanger Institute Великобритания, Кембридж
TonB-siderophor 78–747 TIGRFAMs The Institute for Genomic Research США, Роквилль
TONB_DEPENDENT_REC_1 1–47 PROSITE Swiss Institute of Bioinformatics Швейцария, Женева
TONB_DEPENDENT_REC_2 730–747 PROSITE Swiss Institute of Bioinformatics Швейцария, Женева

На главную страницу второго семестра

© Лохматиков Алексей,2005