На главную страницу второго семестра

Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов FHUA_ECOLI

Матрица попарного сходства последовательностей выборки ортологов

Матрица попарного сходства создана с помощью программы GeneDoc на основе множественного выравнивания 10 последовательностей: белка FHUA_ECOLI и 9 его ортологов (в основном — белки с похожим названием). Сходство последовательностей измерялось в процентах совпадений между ними. В банке данных Swiss-Prot нет ортологов белка FHUA_ECOLI (это подтвердил и поиск с помощью SRS), поэтому поиск белков для выборки был проведён по всем базам данных с использованием программы BLASTP. Ввиду того, что аминокислотная последовательность белка сравнительно длинная (747 а.о.), а сам он является мембранным, процент сходства его c ортологами оказался невысоким. Кроме того, многие из выбранных ортологов были далеко не лучшими хитами в списке, выданном BLASTP, поскольку они подбирались по сходству в названии c белком FHUA_ECOLI (ferrichrome-iron receptor precursor).

1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 1. FHUA_ECOLI 100% 2. AAL19155.1 73% 100% 3. CAA74355.1 53% 54% 100% 4. AAM37038.1 35% 34% 33% 100% 5. NP_742517.1 26% 27% 27% 26% 100% 6. AF241226_1 27% 28% 28% 28% 27% 100% 7. NP_771560.1 28% 30% 29% 32% 28% 27% 100% 8. CAC46802.1 31% 33% 32% 28% 27% 29% 37% 100% 9. AF300471_15 27% 27% 27% 27% 22% 24% 25% 28% 100% 10. YP_206742.1 28% 28% 26% 23% 20% 24% 22% 26% 23% 100%

Множественное выравнивание последовательностей выборки ортологов

Множественное выравнивание создано с помощью программы emma (аналог ClustalW) из пакета EMBOSS. Красным цветом выделены позиции, консервативные на 100%, а синим цветом — консервативные не менее, чем на 80%. Остальные позиции показаны жёлтым цветом.

* 2 0 * 4 0 * 6 0 * 8 0

F H U A _ E C O L I : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M A R : 3

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M A R : 3

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M N A R : 4

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M : 1

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : M S R A V D H I L R P S L M A L A I G L A A P L T S P A L F A A E Q S T S R A Y N L P S A P L A T T L N Q I A S Q A G I A L A I D P A L V S G R T S A P V S G Q Y : 8 1

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M : 1

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M Q L W G G A L N S L G M L R S A V L A T A S A W V L V P Q A S L A Q S S M Q S G : 4 1

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K C : 3

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D G G : 3

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - : -

* 1 0 0 * 1 2 0 * 1 4 0 * 1 6 0

F H U A _ E C O L I : S K T A Q P K H S L R K I A V V V A T A V S G M S V Y A Q A A V E P K E D T I T V T A A P A P Q E S A W G P A A T I A A R Q S A T G T K T D T P I Q K V P Q S I S : 8 4

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : L K T A Q P N S S L R K I A V V V A T A V S G M S V Y A Q A A V Q P K E E T I T V T A A P A A Q E S A W G P A P T I A A K R S A T T T K T D T P I E K T P Q S V S : 8 4

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : T T F S D N T K K T F S R P L L G I M I S L S L S S S L Y A A Q A E T M V V S A D G G S G V E A E S A W G P A P T V A A K R S A T G T K T D T P I E K N P Q S I S : 8 5

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : T Y H L P P R R F Q R R A L R T T P I A A I V M A G A F T T P N A A A Q T Q A T A P A A P T A L P T V T V T E H S D P T Q R S S T G T K T D T P L I E T P Q S I S : 8 2

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : D G L G A L Q A A L S G T G L Q L Q Q S S A G S Y S L V A V P D G T L A L P E T T V N A T S A S E S A W G P V E G Y V A K R T A A G T K T D T A L V E V P R S V S : 1 6 2

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : M S K A V Q G A G R F Q L K C L A V V I A A T C H G M V Q A Q D D Q V T L P S Q T V T G - - E L D R P Q G P D Y G Y K A E K S L T A S K T S T P L S E T P R S V S : 8 0

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : A Q N L P S V T V T A P E A R R R A P A S A V R S A P R R S V Q A A N R S K P Q P Q R N A G F V E T P R G P V R G Y V A G R S A S G T K T D T P I M E T P Q S V S : 1 2 2

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : R I R G A H L K T L L A S G V A L A P L M M S G I A L A Q E G N A T Q L E R I V V E G G N A A G A S A T G P V D G Y V A K A T A T G S K T A M P L N E I P Q S V S : 8 4

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : I E Q D K N G G A G F G L G R L F L A P A D A Q N L S S A E V N N N A Q E E V K T A P S K K K D K S D V I V V T A T G L S Q A S S T T K T H T P I I E S P Q S I S : 8 4

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : - - - - - - - - - - - - M N V S T E Y S K F N V T L L A T A I A S S F L F P I S A M A N D D S A S D D V E T I S I F G Q A Y R N T A T K T S L E P E E T P Q G I T : 6 9

* 1 8 0 * 2 0 0 * 2 2 0 * 2 4 0

F H U A _ E C O L I : V V T A E E M A L - H Q P K S V K E A L S Y T P G V S V G T R G A - - S N T Y D H L I I R G F A A E G Q S - Q N N Y L N G L K L Q G N - F Y N D A V I D P Y M L E : 1 6 0

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : V V T N E E M Q M - H Q F Q S V K E A L G Y T P G V T V S S R G A - - S N T Y D F V I I R G F S S V G L S - Q N N Y L D G L K L Q G N - F Y N D A V I D P Y M L E : 1 6 0

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : V V T R E E M E M - R N V T S V K G A F N Y T P G V L T G N R G S - - S D V I D A L S I R G F S E T N - - - T N Q Y L D G L K L Q G D - N Y S E F A I D P Y F L E : 1 5 9

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : V I P A D R M A T - Q G A T N V K E A L S Y S P G V I P T R F G A - - D S R Y D W I S L R G F D A Y A P - - - G F Y L D G M P L R N N G N W G I W P I E S Y G A E : 1 5 7

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : V A T R E Q M K D - R G V H S L D D A V R Y M P G I V S A S F G S - - D T R Y D W M R V R G F E P T Q - - - F L D G L P L P - - - - R G V Y A N P K A E T W N L D : 2 3 3

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : V V T R K R I E D - Q K S Q S L T D V L G Y V P G I F A P P F A A G D G L A G D L F F I R G F N A T D - - - Y G Y G L L R D G L R V Q G N R Y D T T S E P Y G L E : 1 5 7

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : V I S A E Q I R D - Q K A N K L D E V L R Y T A G V R A G T F G A - - D T R N D W W L I R G F K S D D - - - V G L F L D G M Q - L F Y T S Y A S W K L Q T P N M E : 1 9 6

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : V V G R E E L D D R A V V N K V D E A L R Y T P G V L S A P F G T - - D P D T D W F Y I R G F D A A Q - - - T G L F L D G L P - L F S F G F G N F Q V D P F M L E : 1 5 9

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : I V S R D E I E L - R A S P T I A D A L A Y T A G V Q A E P S G I - - D S R V D E V S V R G F G A G G F S S N N N F V D G L R L P S G G Q W T R T S F D P F S L Q : 1 6 2

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : V L D G E V L E Q - R S V K S L N E A L R Y V P G V T T E Q K G G - A V T M Y D T F N I R G F D V N Q S - - - - Y Y D G L V L Q Y L N G W N L Q P Q I D P I A I Q : 1 4 4

* 2 6 0 * 2 8 0 * 3 0 0 * 3 2 0

F H U A _ E C O L I : R A E I M R G P V S V L Y G K S S P G G L L N M V S K R P T T E P L K E V Q F K A G T D S L F - - Q T G F D F S D - - - S L D D D G V Y S Y R L T G L A R S A N A : 2 3 6

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : R V E L M R G P T S V L Y G K S N P G G I I S M V S K R P T T E P L K E I Q F K M G T D N L F - - Q T G F D F S D - - - S L D D N G E F S Y R L T G L A R S T N E : 2 3 6

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : R A E L L R G P V S V L Y G K S N P G G V V S L V S K R P T Q E T L R E V Q F Q M G N D N L F - - S T G F D F G G - - - A L D D D G V Y S Y R L T G Q A R S Q D A : 2 3 5

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : R I E L L R G P A S V L Y G Q S G P G G L V N A V S K R P T A E P L R E V Q V Q V G D H G R K - - Q I A G D F S G - - - P L R E D G T L L Y R L T A L T R D A E L : 2 3 3

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : R L A L L R G P A S S I Y G Q T P P G G L L D M V S R R P Q A E S A H E I E L Q Y G S D N H R - - Q I N F A S T G - - - K I D D E G R F L Y G V S G V I R D S G T : 3 0 9

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : R V E V F R G P T S I L Y G E N A P G G L V N L V S K R P T A A T Q G E V Q L S Y G S N D R R - - Q L N L D V S G - - - P L N D S G N V L G R V V M V G R E A D T : 2 3 3

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : R V E V L R G P S A V L Y G G S S P S G I V N V I S K L P P A E P I R Y V E T G V N N F G N A - - Y V G F D V G G P V A T Q A Q N G K L F Y R V V G Q V Q N G P T : 2 7 5

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : R V E V L K G P A S V L Y G G S N P G G I I N L I S K R P L D E P L Y Y T E V G I N S N G N A - - F T G F D V N - - - D K L N D D G T V R Y R L T G K V A G G D N : 2 3 5

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : Q I E V L K G P S G A L Y G Q T A P G G V V N L V T K R P T K K S Q G E F F L Q G A G Y T H L G N W Q G Q A S G D V S E K L N K D G T L S G R I V G L A R Y G D T : 2 4 3

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : Q I E V F K G P T S V L Y G S M P P G G M V N M I A K T P Q K E K S T D V K V A T G T G N L V - - E A S I D T T G - - - - Q F G D S D F S Y R F I A L A R Q K D G : 2 1 9

* 3 4 0 * 3 6 0 * 3 8 0 * 4 0 0

F H U A _ E C O L I : Q Q K G S E E Q R Y A I A P A F T W R P D D K T N F T F L S Y F Q - N E P E T G Y Y G W L P K E G T V E P L P N G K - - - - R L P T D F N E G A K N N T Y S R N E : 3 1 2

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : Q Q K S S E S Q R Y A I A P S F T W R P D E K T N F T F L S Y F Q - N E P E T G Y Y G W L P K E G T V E P L P N G K - - - - R L P T D F N E G A S N N T Y S R N E : 3 1 2

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : Q Q A M N K E K R Y T I A P A F S W R P D D R T R I D L L T Y F Q - N E P E T G Y Y G W L P R Q G T V V P I T R A D G S Q Y K L P T N F D E G E Q S N K I S R N T : 3 1 5

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : P A G G M K D D R T F I A P S L T W K P S S D T S L T L L S Q F G - R T R A G V F S R T R P A V G S L V P T A I G T - - - F I P S G L F A S D P T H N R F D L D T : 3 1 0

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : Q I D H I D N K R Y N I A P S L T W N I D E D T T L T F L T Q F T - R D D T G A T S Q F R P I Q G T K I D M P F G K - - - - I S H H K N L G D P D Y E F Y D R T Y : 3 8 5

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : Q V D H V Q D D R I Y I A P S L T L N F D D Y N S L T L L S T Y Q - K D R T - K L E L G L P A A G T L L R N P N G K - - - - I D K D T F L G N K D W N T F E R E V : 3 0 8

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : Q V N F T P D N N Y F I A P S V T W K P D A D T T F T V L A S A S - - R Q E T R G I N F L P Y V G T V T N A S F G K - - - - I P T S F F A G D P S V D K F T R E Q : 3 5 0

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : Y S D Y S E D L R G F I L P Q V T Y A P D D A T S L T V F G L L Q S L D Q V H V G N G F L P Y V G T V E D A P F G K - - - - I D R D A Y Y S E P D I D E G S Y T Q : 3 1 2

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : Q V N H V Q T G R Y Y V S P S L T W E I S P D T K W T V L A Q Y Q - R D Q G G S T F Q F L P A T G T L Y A S K G R H - - - - I A N D A N I G E P K W D N F N R N Q : 3 1 9

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : Q V D Y T E E E R Y V I A P S V D W Q V S D R T L I N F N M Y Y Q - N D P S M G M N S A M P A S G M I Y D N P N G S - - - - T D P S T F V G D K N W S T F E R E F : 2 9 5

* 4 2 0 * 4 4 0 * 4 6 0 * 4 8 0

F H U A _ E C O L I : K M V G Y S F D H E F N D T F T V R Q N L R F A E N K T S Q N S V Y G Y G V C S D P A N A Y S K Q C A A L A P A D K G H Y L A R K Y V V D D E K L Q N F S V D T Q : 3 9 3

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : K M V G Y S F E H G F N D T F T V R Q N L R F V E M K T A Q K S V Y G T G I A A D - - - - - - - - - - - - - - - - - G H T L N R G T I V D N E R L Q N F S V D T Q : 3 7 6

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : K M V G Y N A E H S F N D T W T L R Q N L R Y A D L R T D Y R S I Y G N G F L P A T - - - - - - - - - - - - - - - - - Q E I T R G S A V S E E K L N Q L A V D T Q : 3 7 9

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : S M V G Y L F E H H I N D A F T V R Q N A R Y G H L D V D Y S A V Q G R N F I T E N - - - - - - - P A N P R D P A N F T T L R R T V S G S N E R I R A L N L D N Q : 3 8 4

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : Y A L G Y A F E H R I N D V W Q F R Q N L R Y T K S D L S F Q T I T P G S Y N K S S - - - - - - - - - - - P P V Q D D G T V S R M S T N T D E D I S Q F A V D N N : 4 5 5

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : W T L G Y E F T H R F N D D W Q F R Q N S R Y M Q S R I Q R N E I W P G A L N N A G - - - - - - - - - - - F G T N - - - - V S T Q A Y D R H N K S I T Y S L D N Q : 3 7 4

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : E M L G Y Q F E R N L T D D L T F R Q N A R F A H V D V T Y R - G Y V G N D Y G - - - - - - - - - - - - - - - N Q A T A T L N R Y N W Y A K N T A N Q G D L D N Q : 4 1 5

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : Q M L G Y E F K H D F D N G W T F T Q N A R Y A N L H K H E K - Y P Y T Y G Y V G G - - - - - - - - - - - A P T G P D Y L L N R I G F E A T S K V D S F S I D N R : 3 8 1

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : V M A G S F F E H H F N H F L T L R N N T R Y T Y L N T L Y R A T V L S G D T L Q S - - - - - - C S A A I A G C V A G E T V N R R A V E G R G R S Q G V A T D T Q : 3 9 4

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : F M A G Y K I N H E F N N N W S F L Q N F R Y M N A S L Y Q E N T Y H I Q N A Y T Q D - - - - - - - - - - - F D P S T G V L D R S I Y S T D E N S I G Y T I D N Q : 3 6 5

* 5 0 0 * 5 2 0 * 5 4 0 * 5 6 0

F H U A _ E C O L I : L Q S K F A T G D I D H T L L T G V D F M R M R N D I N A W F G - Y D D S V P L L N L Y N P V N T D F D F N A K D P A N S G P Y R I L N K Q K Q T G V Y V Q D Q A : 4 7 3

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : L E S K F A T G D I D H T L L T G V D F M R M R N D I N A T F G - S A P S I D L Y N N Y H P E Y F A F G G - - - - - - - - A E P Y Q M N E S K Q T G L Y V Q D Q A : 4 4 8

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : A Q A K F A T G Q V D H T L L L G V D Y Q R T R N D I D A A F G - T V T P L N A I N P Q Y G N D T A I G T P - - - - - - - F P Y H Y L N K Q E Q T G L Y A Q D Q M : 4 5 2

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : L E T R L R S G D V Q Q A V L V G L D Y Q R T R I D Q T S Y S G G S A S S L N I Y N P V Y G G A V Q I P A P - - - - - - - - W Y D G V A T L A Q T G F Y V Q D Q I : 4 5 7

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : F Q A D F A T G D I D H T L L I G L D H Q R I N T N Y L S I F D F N V P D S N V N N P V Y G L P I T R P D R - - - - - S T A F Y D Y N Q K T R Q T G L Y V Q D Q M : 5 3 1

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : L E G K F D T G A L Q H T L L V G A S F D R T S F N Q D W S A G F G - P S I N V F N P V W T S E P T T P - - - - - - - - F T I Q N S Q L D Q Q M A G L Y S Q L Q S : 4 4 6

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : L E Y R F D T G P V K H T M L F G V D L K G Y Q I D D Y Q A F G F G V S S I N I F N P V Y G Q A E T P L - P - - - - - T T P F R N F Q I T Q K Q A G T Y I Q D Q M : 4 9 0

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : T E T D F D L G A T T H T F L A G L D Y K Y Y R L D H I Q A C - C G A T P I S A T N P V Y G T P Q G - - - A - - - - - N F V Y L D Q I V T Q Q Q I G L Y A Q D Q I : 4 5 3

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : L E G H V D T G A V R H V M L F G T D Y F Y T D W T H D R D L V K S S L V L P M L N I F D P V S R G S A G Y G - - A A L S P Q V Y T S T I S Q Q N G I Y F Q D Q I : 4 7 3

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : L S G R V M V G S V E H N L L F G I D Y Q K L D G D S R Y K E F G K T S Q F G D F N I F N P N N N M I D R G Q - - L S N T A D Y K D E I G I E Q T G V Y F Q D Q V : 4 4 4

* 5 8 0 * 6 0 0 * 6 2 0 * 6 4 0

F H U A _ E C O L I : Q W D - K V L V T L G G R Y D W A D Q E S L N R - - - - - V A G T T D K R - - - - - D D K Q F T W R G G V N Y L F D N G V T P Y F S Y S E S F E P S S Q V G K D G : 5 4 3

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : E W N - K W V F T L G G R Y D W S K Q A T T V R - - - - - Q N S T T P T E G Y I E R N D H Q F T W R G G V N Y V F D N G I S P Y F S Y S Q S F E P S A F D L W S T : 5 2 3

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : E W N - R W V L T L G S R Y D Y A T T S A L N R - - - - - S S S T E V K N - - - - - H D Q A F T W R G G L N Y V F D N G V A P Y F S Y S E S F I P N T G T T S G G : 5 2 2

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : K W R D R W L L T L G A R Y D R A S S E V D S R - - - - - L D G R H T K I S - - - - - E S K A T K R A G L T Y L A P N G W A P Y V S Y T E S F V P T A T R N P A T : 5 2 8

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : A L G N - W R L T L G G R E D W V H T G - - - - - - - - - T K F F N Q G D A T N T Q R D K K F S G N A A I S Y V F D S G F V P Y L S Y A E S F Q P S S N A S V S A : 6 0 2

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : K Y E N - W I F L L G G R F D R V D S Q Y R N K F D A - - T S P V S N A A S D L D Y T D R D F T W Q A G V M Y Q F E N G L S P Y V S Y S T S F F P - V Q Q T T S A : 5 2 3

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : K L G N - F T L V L S G R N D W V A T T - - - - - - - - - Q D A R D T G A T V S S R D D S R F S G R A G L I Y N F D N G I A P Y V S Y S T S Y N P I V G L N A Q N : 5 6 1

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : R F G D G W L V T L N G R Y D Y V D T K - - - - - - - - - S D A A I G - - T S Y E S N D G A F S G R A G L A Y E F D N G L T P Y V S A A T F F N P L V G T G T S D : 5 2 3

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : K F K R - L R V T V G G R Q D W A K D D - - - - - - - - - - T L N R L T G K R Y L T H S N A F T W R A G A V Y L F D N G L A P Y F S Y A K S F Q P Q V S D P S T S : 5 4 3

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : R I E R - L V L I A G G R Y D K F T S D S D Y R G K Y E D K G V W Y D Y S K N D K A S Q S Q F S Y R V G A L Y E L E S G F S P F I S Y A T S F E P V A G L D A Q G : 5 2 4

* 6 6 0 * 6 8 0 * 7 0 0 * 7 2 0

F H U A _ E C O L I : N - - - - - - - - - - I F A P S K G K Q Y E V G V K Y V P E D R P I V V T G A V Y N L T K T N N L M A D P E G - - - - - S F F S V E G G E I R A R G V E I E A K A : 6 0 9

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : P R - - - - - - - - V S Y K P S K G E Q Y E A G V K Y V P K D M P V V V T G A V Y Q L T K T N N L T A D P T N - - - - - P L A Q V P A G E I R A R G V E L E A K A : 5 9 1

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : Q - - - - - - - - - - P F D P S R A K Q Y E A G L K Y V P K E R P V V L T A A V Y Q L T K T K N L T A E P G N - - - - - V N F S V Q S G E I R S R G V E L E A K A : 5 8 8

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : G - - - - - - - - - Q P F K P E T G R Q Y E A G V R Y Q P E G G K Q S Y S A A I F D L R R K N Y L T A D D N - - - - - - - F V P R Q T G E V Q V R G L E L E A S A : 5 9 3

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : S D - - - - - - - - - S F K P T E G K Q W E L G V K Y Q P P G S N T L L S A A V Y D L T Q K N V S V T N T V G G - - - - V T I T S Q T G E V K V R G L E L E A V S : 6 7 0

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : S G - - - - - - - - - P L D P I T A E Q Y E V G L K Y E P K G W N T M F T A A V F D L R K E N D - - V Y F E A G - - - - I N D Y R Q V G E S R S K G V E L E I N S : 5 8 9

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : - - - - - - - - - - Q L F L P E T G K Q A E I G V K I A P K G F D G Y F T V S A F D L V R Q N V A T T L P G S V - - - - P V L Q N Q T G E V T S R G I E L E A V A : 6 2 8

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : P S D P T N P A K M V A L E P E E G Y Q Y E A G V K Y E P S F I D G L L T A S V F Q I T K Q N V S I A V P G - - - - - - F F V N S Q L G E V R S R G V E L E G K I : 5 9 8

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : L D G - - - - - - - T P F K P T T G D Q Y E A G I R Y Q Y G - K S I Y I T F G A Y Q I T Q R N M T T P D P N G A L C G T S T C L V Q T E E G P V R G L E L E G R A : 6 1 6

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : N S - - - - - - - - - - Y K P E L G E Q V E V G V K Y E S S D Y T K V A S A S L F N I T K S D A M M A D P T D A Y N - - - - P Q L Q I G E I R S R G I E L Q G Q W : 5 9 1

* 7 4 0 * 7 6 0 * 7 8 0 * 8 0 0 *

F H U A _ E C O L I : A L S A S V N V V G S Y T Y T - - - D A E Y T T D T T Y K G N T P A Q V P K H M A S L W A D Y T F F D G P L S G L T L G T G G R Y T G S S Y G D P A N - - - - - - : 6 8 1

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : A L T A N I N M T A S Y T Y T - - - D A E Y T K D T N L K G N T P E Q V P E H M A S L W G D Y T F N E G P L S G L T L G T G G R F I G S S Y G D P A N - - - - - - : 6 6 3

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : A L N A N V N L T A S Y T Y T - - - D A E Y T E D T Q L K G K T P V Q V P K H M A S L W S D Y T F H E T A L S G V T I G A G V R Y V G E S Q G L Y S T G T E Q N Q : 6 6 6

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : E V L P R L N L V G S Y T Y T P T A E I T A S S T A R E I G K P L T A V S R N A A A L W A D Y R F P N - - - - R I K V G L G A R F T G S N Y G D L N A A P - - - - : 6 6 6

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : D V T D N L K V I A A Y T L A K S E V Q D G D - - - - F K G N R L Q L M P N Q Q A S I W G D Y T W H S G V L D G F G I G L G A R Y T G N T Y G D Q G N - - T Y L G : 7 4 5

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : D I S A N L N V T A A Y T Y T D A R I T K D A P G S L L E G N Q M T G V P R N Q A S I W A N Y R F L D G A L R G L R L G G G V R H F H S T F A Y T A E - - S L Y G : 6 6 8

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : N A T K E L K L I G A F T A Y H L F N S K D L D P S - L V G K T P T N T P E L L V S G W A D Y T F R D G P L E G F G F G G G V R Y I G S S W A D T A N - - T L E V : 7 0 6

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : N L N T N W K I I S A F S Y T D L E V T E D L N A S - L I G N T P V L I P E T Q A S L W L D Y T V A N G T F E G V S L G A G V R Y Q G E S W A D A E N - - T K K V : 6 7 6

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : T L P W N M A I I F T G T R S D A K V T Q S N T A S - Q I G N Y L P Q A P K W M A S L F I D Q R I R H G F F T G L G I G G G V R Y T G H S Y G D T N N T L S I P G : 6 9 6

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : M I S D S W D I A A N Y T Y I D M E I T E D D T Y N - S E G K T P I Y V P T H A A S L W S N Y Y I Y D G I L T G T R I S G G L R Y V G E M E M D A A N - - - - T D : 6 6 7

8 2 0 * 8 4 0 * 8 6 0 * 8 8 0 *

F H U A _ E C O L I : S F K V G S Y T V V D A L V R Y D L A R V G M A G S N V A L H V N N L F D R E Y V A S C F N T Y G C F W G A E R Q V V A T A T F R F - - - - - - - - - - - - - - - : 7 4 7

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : S F K V G S A A V M D A V V K Y D L A R F G M A G S S I A V N V N N L L D R E Y V A S C F Q T Y G C F W G A E R Q V V A T A T F R F - - - - - - - - - - - - - - - : 7 2 9

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : N F K V A G Y T T V D A A L K Y D L G R F G L P G S T V G V N V N N L F E P H Y V A S C Y R E Y A C Y W G A E R Q I V G T A T F R F - - - - - - - - - - - - - - - : 7 3 2

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : - G K V P S F T V F D A M I G Y D I D R W - - - - - T F A L N V R N L T D K T Y I G N C D Q Y G N C Y Y G D E R R V I A T A T H R W - - - - - - - - - - - - - - - : 7 2 6

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : K A K A - - Y T V F D G S V H Y D L G R - - - - - L N G S L E G A S V A V T A T N L L N K D Y L S T C D S Y Y C Y Y G D E R S V V A S A T Y K F - - - - - - - - - : 8 1 0

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : K L D T G D V T L V D A A I G Y D I D E N - - - - W S V D L N A K N F F D Q G V R G R L Q Q C R A L L L G R R A H L L R Y R V A A L V S G N R V S K P R R G G D P : 7 4 5

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : P A V V - - - - L G D L A L H Y E W Q N - - - - - W R T A L N V I N L T D K I Y V A S C A S A T S C F Y G D R R R V T A S V S Y K W - - - - - - - - - - - - - - - : 7 6 3

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : P A A T - - - - L V D A A I R Y E K N D - - - - - W T A S L N V A N L F D K E Y V A G C Q G L Q T C G Y G E S R T F T L K L S K K W - - - - - - - - - - - - - - - : 7 3 3

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : Y T L F D S F L R Y D F A N R F P R Y K G - - - - L S L S I N M R N I A N K R Y V A T C T A A S A C Y Y G Q G R S L T L R L G Y S W G G T A - - - - - - - - - - - : 7 6 2

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : K V P D Y T L A D V S I G Y E L D G I S E S L T G A T A Q L S A T N L F N T E Y Y S - C Y D S A N C W Y G A E Q T V E L S I N Y N F - - - - - - - - - - - - - - - : 7 3 2

9 0 0

F H U A _ E C O L I : - - - - - - - - - - : -

A A L 1 9 1 5 5 . 1 : - - - - - - - - - - : -

C A A 7 4 3 5 5 . 1 : - - - - - - - - - - : -

A A M 3 7 0 3 8 . 1 : - - - - - - - - - - : -

N P _ 7 4 2 5 1 7 . : - - - - - - - - - - : -

A F 2 4 1 2 2 6 _ 1 : S P F C I G K D N G : 7 5 5

N P _ 7 7 1 5 6 0 . : - - - - - - - - - - : -

C A C 4 6 8 0 2 . 1 : - - - - - - - - - - : -

A F 3 0 0 4 7 1 _ 1 : - - - - - - - - - - : -

Y P _ 2 0 6 7 4 2 . : - - - - - - - - - - : -

Изображение 3D-структуры белка FHUA_ECOLI с отмеченными консервативными остатками

Изображение создано с помощью программы RasMol. Белок показан в остовной модели, а лиганд ferrichrome и атом железа — в шариковой модели. Остатки в зоне контакта представлены в виде шарнирных моделей. Консервативные остатки выделены цветом:

консервативные на 100% — красным
консервативные не менее, чем на 80% — синим
консервативные менее, чем на 80% — жёлтым

   Как видно из рисунка, ни один из контактирующих с лигандом остатков не является консервативным, в то время как во многих других белках консервативной обычно бывает именно область взаимодействия с лигандом, поскольку замены в этой области часто могут привести к потере связывания белка с лигандом. И всё-таки объяснения столь низкой консервативности этой области в белке FHUA_ECOLI есть: во-первых, атом железа, функцию транспорта которого выполняет белок, связан не непосредственно основной цепью белка, а лигандом, представляющим собой короткий циклический олигопептид, а, во-вторых, консервативными являются некоторые остатки, находящиеся недалеко от зоны контакта, и, возможно, именно они в большой степени определяют ход белковой цепи в месте взаимодействия с лигандом.
   В целом же, консервативные остатки располагаются достаточно равномерно по всему белку — и во внутренней, и во внешней части. Интересно, что встречаются области, где консервативные остатки располагаются через один: они принадлежат β-тяжам, которые, в совокупности образуя β-бочонок, окружают внутреннюю часть белка — там консервативны наиболее важные аминокислоты, радикалы которых направлены внутрь бочонка, и, разумеется, такие аминокислоты в располагаются β-листе через одну.
   Стоит также отметить, что больше всего консервативных остатков среди заряженных аминокислот, которые могут быть нужны для контакта с лигандом (например, при изменении конформации белка), а также среди глицинов и пролинов — остатков, влияющих на сворачивание белка в целом.

На главную страницу второго семестра

© Лохматиков Алексей,2005