Классификация функций. Ферменты.

Номенклатура IUPAC

Заданный код — 4.3.2.1.

Расшифровка:

4 — Лиазы (осуществляют негидролитическое расщепление субстрата)
4.3 — Лиазы, действующие на связи углерод-азот
4.3.2 — Лиазы, действующие на амины, амидины и подобные вещества
4.3.2.1 — Лиаза аргининосукцината

   Информация об IUPAC и IUBMB:
   Организация IUPAC была создана в 1919 году химиками из издустриальной отрасли и научного сообщества.
   Год создания международной комиссии по номенклатуре ферментов — 1956. Её основателем является M. Florkin.
   Последнее дополнение (11) к номенклатуре ферментов было принято в 2005 году.
   Последнее небольшое добавление датируется 17 феврвля 2006 года.

Информация специализированного ресурса Brenda

Так выглядит ферментативная реакция:

Известно 208 ферментов с кодом 4.3.2.1.

Ингибиторы ферментов:

Активатор ферментов:

Оптимум pH — 7,5 (для формирования аргининосукцината pH должен быть чуть ниже, для обратного процесса - чуть выше).

Среди болезней человека, связанных с лиазой аргининосукцината, выделяют 2 основных: аргининосукцилат-лиазную недостаточность и цитруллинемию.

Чаще всего встречаются тетрамерные субъединичные структуры фермента, но у хламидомонады известны пентамерная и гексамерная структуры.

Для данного типа ферментов показана посттрансляционная модификация (на примере утки). Оксидативная модификация является источником многочисленных форм фермента.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

Организм	Положение домена из Pfam (PF00206) — Lyase_1 в аминокислотной последовательности фермента
Escherichia coli K-12	6 – 301
Methanococcus jannaschii	7 – 301
Homo sapiens	11 – 305

Для получения последовательностей доменов и проведения выравниваний были использованы следующие команды UNIX:

extractseq sw:ARLY_ECOLI extractseq sw:ARLY_HUMAN extractseq sw:ARLY_METJA needle arly_ecoli.fasta arly_human.fasta needle arly_metja.fasta arly_human.fasta needle arly_metja.fasta arly_ecoli.fasta

Для программы extractseq в качестве дополнительных данных были использованы границы доменов.
Параметры программы needle были взяты по умолчанию.

Выравнивания:

Исходя из выравниваний, фермент из Methanococcus jannaschii имеет меньше сходства в последовательности аминокислот с белками из Escherichia coli K–12 и Homo sapiens, чем эти белки между собой.

Что можно найти в ENZYME?

ENZYME — это база данных ферментативной номенклатуры Швейцарского Института Биоинформатики.
Для каждого типа ферментов (соответствующего определённому коду по ферментативной номенклатуре) в базе данных содержится следующая информация:

Код EC
Основное название
Альтернативные названия (если есть)
Каталитическая активность
Кофакторы (если есть)
Указатели на записи банка данных Swiss-Prot, которые связаны с ферментом (если есть)
Указатели на болезни, связанные с ферментной недостаточностью (если есть)

На главную страницу четвёртого семестра