Зачётное задание по блоку 2

С помощью программы полного парного выравнивания needle было построено полное парное выравнивание выданных мне фрагментов (165-219:A 146-194:E). Данное выравнивание сохранено в файле Khachatryan_auto.msf.

Затем я (не без помощи замечательного скрипта ini.spt) взглянула на визуализированое совмещение данных участков (где цепь А показана фиолетовым цветом, а цепь Е - салатовым).

Биологически обоснованное выравнивание, на основе данных, полученных визуализацией участков с помощью Rasmol:

В приведённой ниже таблице представлены позиции и растояния в ангстреммах для близких друг другу СА атомов.

Остаток цепи А Остаток цепи Е Расстояние в ангстреммах Gly 165 Ala 147 1.03 Asp 166 Gln 148 1.77 Gly 167 Glu 149 3.81 Phe 168 Met 150 1.49 Gly 169 Ala 151 0.84 Thr 170 Val 152 0.53 Ser 171 Ala 153 0.73 Leu 172 Ala 154 0.98 Thr 173 Ala 155 1.13 Tyr 174 Tyr 156 0.89 Asp 175 Thr 157 1.19 Phe 176 Phe 158 2.29 Gly 177 Gly 159 1.59 Phe 181 Tyr 161 1.62 Ala 182 Thr 162 0.55 Ile 183 Val 163 0.49 Ser 184 Gly 164 1.59 Gly 185 Leu 165 1.23 Ala 186 Gly 166 1.04 Tyr 187 Tyr 167 1.03 Thr 188 Glu 168 1.27 Asn 189 Lys 169 1.68 Ser 190 Ile 170 1.92 Asp 191 Asp 171 0.63 Arg 206 Asp 180 1.38 Ala 207 Met 181 1.40 Glu 208 Glu 182 0.94 Ala 209 Gln 183 1.57 Trp 210 Leu 184 1.90 Ala 211 Glu 185 1.10 Thr 212 Leu 186 1.27 Gly 213 Ala 187 0.89 Leu 214 Ala 188 0.63 Lys 215 Ile 189 0.71 Tyr 216 Ala 190 0.86 Asp 217 Lys 191 1.76 Ala 218 Phe 192 3.72 Asn 219 Gly 193 1.80

Пары, помеченные красным цветом, находятся на расстоянии, превышающем 2 ангстрема, но пары соседних атомов довольно сближены. Наоборот, я считала случайными совпаданиями в пространстве те сближения СА атомов, которые располагаются "одиночно". (Оба примера этих пар представлены на картинке ниже, каждая пара атомов имеет свой цвет).

Ещё пару раз попадались случаи, когда группы аминокислот из разных участков обладали схожей геометрией, но находились на слишком большом расстоянии друг от друга, которое затем по ходу цепей увеличивалось. Можно сджелать предположение, что данные участки тоже в какой-то мере родственны, просто углы, под которыми они находятся относительно остальной последовательности, различаются. На рисунке ниже представлен один из таких примеров.

Из всего выше полученного можно посчитать, что:

1. суммарная длина биологически обоснованных участков выравнивания равна 37 (это составляет65% от общего числа позиций выравнивания);
2. число совпадающих остатков равно 6 (10,5%);
3. число функционально сходных остатков на биологически обоснованных участках выравнивания равно 16 (28%).

Если сравнивать биологически обоснованное выравнивание и выравнивание, сделанно с помощью программы stretcher, то можно заметить, что они сильно различаются. Из всего этого следует вывод, что такие программы, как needle и strttcher не могут построить биологически обоснованного выравнивания, так как они могут ориентироваться лишь по аминокислотной последовательности, а такие моменты, как схожая структура, для них остаются незамеченными.

<Второй семестр

<<Главная странца