- Дата последнего проиндексированного в системе релиза EMBL - 5 сентября 2008 года; количество записей в нём - 92831733.
- Список классов ("Data Class") банка EMBL:
- ANN: Constructed sequence with annotation
- CON: Constructed sequence
- EST: Expressed Sequence Tag
- GRV: Genome Reviews
- GSS: Genome Survey Sequence
- HTC: High Throughput cDNA sequencing
- HTG: High Throughput Genome sequencing
- MGA: Mass Genome Annotation
- PAT: Patent
- SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
- STD: Standard
- STS: Sequence Tagged Site
- TPA: Third Party Annotation
- TSA: Transcriptome Shotgun Assembly
- WGS: Whole Genome Shotgun
- не проиндексирован;
- не проиндексирован;
- проиндексирован, 54868004 записей;
- не проиндексирован;
- проиндексирован, 24420981 запись;
- проиндексирован, 524114 записей;
- проиндексирован, 135664 записей;
- не проиндексирован;
- проиндексирован, 6175434 записей;
- не проиндексирован;
- проиндексирован, 5752704 записей;
- проиндексирован, 945908 записей;
- проиндексирован, 5919 записей;
- проиндексирован, 3005 записей;
- не проиндексирован
- Список разделов "Divisions" банка EMBL.
Для каждого раздела, кроме обозначения, приведены его описание
по-русски и число записей в последнем релизе.
- FUN: Грибы
- HUM: Человек
- INV: Беспозвоночные
- MAM: Другие млекопитающие
- MUS: Домовая мышь
- PHG: Бактериофаги
- PLN: Растения
- PRO: Прокариоты
- ROD: Грызуны
- SYN: Синтетические организмы
- TGN: Трансгенные организмы
- UNC: Неклассифицированные организмы
- VRL: Вирусы
- VRT: Другие позвоночные
- 2524681 записей
- 11540219 записей
- 13679938 записей
- 8686059 записей
- 7330487 записей
- 4896 записей
- 28334269 записей
- 675972 записей
- 1804253 записей
- 1500620 записей
- 265445 записей
- 2956530 записей
- 624900 записей
- 9288565 записей
- Выбрали три раздела банка EMBL (HUM, ENV и PRO).
Определили, сколько стандартных (класса STD) записей
появилось в каждом из этих разделов за май
2008 года и за тот же месяц 2007 года. Оформили результаты в
виде столбчатой диаграммы.
Видим, что в каждом из случаев наблюдается ускорение поступления записей в раздел.
- направление гена относительно направления, выбранного для записи прямое;
- число кодирующих участков 10;
- длины первого и последнего кодирующих участков соответственно 211 и 17 нуклеотидов;
- длины первого и последнего интронов между кодирующими участками cooтветственно 1045 и 327 нуклеотидов.
- Используя kodomo-count запустить команду seqret -sask;
- "intup (gapped) sequence" - ввести имя входного файла (BA000025.embl);
- "Begin at position [start]:" - начало вырезаемого участка;
- "End at position [end]:" - конец вырезаемого участка;
- " Reverse strand " - "n", если участок лежит на прямой цепи, "у" - если на обратной;
- Задать имя выходного файла.
Затем на странице http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/:
- выбрать пограмму blastX, которая по нуклеотидной последовательности ищет последовательность белковую;
- в поле "Enter Query Sequence" ввести вырезанную последовательность;
- в поле "database" выбрать банк Swiss-Prot;
- запустить поиск.
В результате было получено множество белков, первые 2 обладали одинаковыми показателями E Value(7e-35) и Score (145). Один из этих белков - белок человека, который имеет AC Q13838. В записи EMBL как раз и был этот белок ("UniProtKB/Swiss-Prot:Q13838").
Данным экзоном кодируется участок белка с 1-ю по 70-ю аминокислоты. При этом выбрана рамка, которая не включает последний нуклеотид. На участке, кодируемом данным экзоном, с 45-го по 73-й аминокислотный остаток лежит Q_MOTIF. Но в белке есть ещё домены, которые определяют его главную функцию. Таким образом, самый длинный экзон гена не обязательно кодирует самое "важное" место белка.
Белок является РНК-хеликазой. Q motif служит, судя по всему, для контролирования связывания и гидролиза АТФ и представляет потенциальный механизм регулирования активости хеликазы.
©ХАЧАТРЯН ЛУСИНЕ, 2008