Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Обязательные упражнения

Поиск нужного термина в словарях GO

Нашли заданное описание локализации белка в таблице (цитоскелет). На главном сайте консорциума GO, http://www.geneontology.org, нашли наиболее подходящий термин GO. Для этого набрали перевод термина на английский - сytoskeleton и выбрали поиск по терминам БД. Получается 41 находка, после выставления фильтра Cellular Components находок стало 11. Подходит самая первая.
• заданное описание локализации - cytoskeleton;
• выбранный термин GO - cytoskeleton и его идентификатор - 0005856;
• название онтологии GO - cellular component, его перевод на русский - клеточный компонент;
• определение термина: Любые из различных волокнистых элементов, которые формируют внутренний скелет клетки и сохраняются после обработки клетки мягкими детергентами, служащими для удаления мембранных компонентов и растворимых компонентов цитоплазмы. Данный термин охватывает так же промежуточные филаменты, микрофиламенты, микротрубочки и другие структуры, имеющие полимерную волокнистую природу. Различные элементы цитоскелета служат не только для поддержания клеточной формы, но также играют роль в другий клеточных функциях, включающих движение клетки, деление, эндоцитоз и движение органелл.

 

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Получили полную запись банка Swiss-Prot, описывающую последовательность белка человека IOD1_HUMAN. В поле DR нашли строки, посвящённые терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt.

GO:0005789; C:endoplasmic reticulum membrane; IEA:UniProtKB-SubCell.
GO:0016021; C:integral to membrane; IEA:UniProtKB-KW.
GO:0008430; F:selenium binding; TAS:ProtInc.
GO:0004800; F:thyroxine 5'-deiodinase activity; TAS:ProtInc.
GO:0042446; P:hormone biosynthetic process; IEA:UniProtKB-KW.
GO:0055114; P:oxidation reduction; IEA:UniProtKB-KW.
GO:0006590; P:thyroid hormone generation; TAS:ProtInc. 

По этим данным описали функцию заданного белка:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	С (cellular compound)	2	мембрана эндоплазматического ретикулюма, интегрирован в мембрану
Зачем, для чего?	P (biological process)	3	биосинтез гормонов,уменьшение окисления,деградация гормонов щитоидной железы
Молекулярный механизм?	F(molecular function)	1	тироксин 5'-дейодиназная активность (удаление одного атома йода из тироксина в 5-ом положении α-кольца)
Специфичность?	F(molecular function)	1	связывание с селеном.

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Оценим, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков конкретной группы:

Протеом рганизма Sus scrofa. Результаты поиска в UniProt, 01.04.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	1343	(([swissprot-Organism:Sus*] & [swissprot-Organism:scrofa*]) | [swissprot-Organism:Sus scrofa*])
С идентификаторами всех трёх онтологий GO	868	((((([swissprot-Organism:Sus*] & [swissprot-Organism:scrofa*]) | [swissprot-Organism:Sus scrofa*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])
В том числе в цитоскелете	8	((((([swissprot-Organism:Sus*] & [swissprot-Organism:scrofa*]) | [swissprot-Organism:Sus scrofa*]) & [swissprot-DBxref_:C:cytoskeleton]) & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	1	(((([swissprot-Organism:Sus*] & [swissprot-Organism:scrofa*]) | [swissprot-Organism:Sus scrofa*]) & (([swissprot-DBxref_:C:cytoskeleton] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & (([swissprot-DBxref_:EXP*] | [swissprot-DBxref_:IDA*]) | [swissprot-DBxref_:TAS*]))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0	(((([swissprot-Organism:Sus*] & [swissprot-Organism:scrofa*]) | [swissprot-Organism:Sus scrofa*]) & (([swissprot-DBxref_:C:cytoskeleton] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & (([swissprot-DBxref:EXP*] & [swissprot-DBxref:IDA*]) & [swissprot-DBxref:TAS*]))

Функции белков данной группы аннотированы не достаточно хорошо. Из 1343 белка, встречающегося в данном организме только 868 имеют идентивикаторы всех трёх онтологий GO, а из них только 8 по месту расположения оказываются в цитоскелете, хотя по моим предположениям с цитоскелетом в эукариотической клетке связаны функции гораздо большего числа белков. Лишь для одного из этих 8 белков встречаются два из самых хороших доказательств функций (коды EXP, IDA), а всех 3-х доказательств не имеет ни один из белков.

 

<Четвёртый семестр

<<Главная страница