Метаболические пути. KEGG.

Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG.

Открыли страницу оглавления KEGG. Нашли ссылку на базу данных химических соединений (KEGG LIGAND). Провели поиск по названиям веществ.

Субстрат:

• Цистеин (L-Cysteine, L-2-Amino-3-mercaptopropionic acid )
• идентификатор C00097
• брутто-формула C3H7NO2S
• структурная формула вещества

  


Продукт:

• Метионин (L-Methionine, Methionine, L-2-Amino-4methylthiobutyric acid)
• идентификатор C00073
• брутто-формула C5H11NO2S
• структурная формула вещества

  

Поиск метаболического пути.

Вернулись на страницу оглавления KEGG и прошли по ссылке для раскрашивания объектов на метаболических картах (Color objects in pathways). В поле запроса ввели найденные идентификаторы соединений. Указали, что хотим раскрасить субстрат красным, а продукт - зеленым, участвующие в цепочке реакций ферменты желтым.



• текст запроса для раскрашивания субстрата, продукта и ферментов.

  C00097 red
  C00073 green
  4.4.1.1 yellow
  4.4.1.8 yellow 
  2.1.1.5 yellow
  2.1.1.10 yellow 
  2.1.1.13 yellow
  2.1.1.14 yellow 
  

  Третий этап может осуществляться каждым из 4-х ферментов (2.1.1.5, 2.1.1.10, 2.1.1.13, 2.1.1.14). Для наглядности решено было расскрасить их все.




• Карта пути, где была обнаружена цепочка реакций для превращения субстрата в продукт - МЕТАБОЛИЗМ МЕТИОНИНА (Methionine metabolism)


• картинкa с раскраской

  



Описание последовательности реакций.

Возможный путь превращения L-Цистеина в L-Метионин по данным метаболической карты Метаболизм Метионина.



Этап	Ферментативная реакция	EC number	R number
1	L-Cysteine + NH3 + 2-Oxobutanoate<=>L-Cystathionine + H2O	EC:4.4.1.1	R01001
2	L-Cystathionine + H2O <=> L-Homocysteine + NH3 + Pyruvate	EC:4.4.1.8	R01286
3	Betaine + L-Homocysteine <=> N,N-Dimethylglycine + L-Methionine	EC:2.1.1.5	R02821
	S-Adenosyl-L-methionine + L-Homocysteine <=> S-Adenosyl-L-homocysteine + L-Methionine	EC:2.1.1.10	R00650
	5-Methyltetrahydrofolate + L-Homocysteine <=> Tetrahydrofolate + L-Methionine	EC:2.1.1.13	R00946
	5-Methyltetrahydropteroyltri-L-glutamate + L-Homocysteine <=> Tetrahydropteroyltri-L-glutamate + L-Methionine	EC:2.1.1.14	R04405





Исследование метаболического пути в других организмах



Возможность пути превращения L-Цистеина в L-Метионин в различных организмах с известными полными геномами.



Организм	Возможна ли цепочка реакций	Обоснование
Escherichia coli	нет	неизвестен ген фермента, катализирующего 1 стадию (EC 4.4.1.1)
Haemophilus influenzae Rd KW20	нет	неизвестен ген фермента, катализирующего 1 стадию (EC 4.4.1.1)
Methanococcus janaschii	нет	из 3 необходимых ферментов найден ген только для одного
Arabidopsis thaliana	нет	неизвестен ген фермента, катализирующего 1 стадию (EC 4.4.1.1)
Homo sapiens	нет	неизвестен ген фермента, катализирующего 2 стадию (EC 4.4.1.8)


Ни у одного организма, с различными полными геномами, которые приводились в задании, процесс превращение L-Цистеина в L-Метионин, видимо, не идёт по приведённой выше цепочке реакций. Но я нашла организм, у которого подобный ферментативый путь осуществим. Это Lactobacillus salivarius

<Четвёртый семестр

<<Главная страница