Состав записи 1DFO банка PDB
Анализировалась структура pdb1dfo
HEADER : TRANSFERASE 20-NOV-99 1DFO Содержит название белка, дату создания структуры и код записи
TITLE: CRYSTAL STRUCTURE AT 2.4 ANGSTROM RESOLUTION OF E. COLI SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH GLYCINE AND 5-FORMYL TETRAHYDROFOLATE
Название структуры.
Анализируемый белок называется SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE, как и белок, который был у меня ранее. Идентификаторы цепей: A, B, C, D.
Последовательность каждой из цепей идентична последовательности белка, который мне выдали , таким образом, белок состоит из 4-х цепей.
В каждой из цепей имеется по две молекулы лигандов:
1-я имеет определитель PLG, условный номер в цепи 01, всего 20 атомов в показанной структуре (т. е. все атомы молекулы, кроме водорода). Называется эта молекула N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL- PYRIDIN-4-YL-METHANE], в ней 10 атомов углерода, 15 атомов водорода, 2 атома азота, 7 атомов кислорода, 1 атом фосфора.
2-я имеет определитель FFO, условный номер в цепи 02, всего 34 атома в показанной структуре (т. е. все атомы молекулы, кроме водорода). Называется эта молекула 5-FORMYL-6-HYDROFOLIC ACID, в ней 20 атомов углерода, 21 атомов водорода, 7 атома азота, 7 атомов кислорода.
Кроме того, в структуре имеется 388 молекул воды
| Изображение цепи В в остовной модели |
|
|
Изображение белка: Белок типа "альфа+бета" В каждой из цепей белка находится 20 альфа спиралей и 16 бета-тяжей цепь А - оранжевый цвет; цепь В - зелёный цвет; цепь С - голубой цвет; цепь D - белый цвет; лиганды раскрашены в цвета по атомам и представлены в шарнирной модели |
|