Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов

Цель задания – построить деревья на основе данных конечных
последовательностей (листьев), и сравнить результаты.
Использовались следующие программы:

по методу UGPMA с помощью программы eneighbor,
по методу ближайших соседей (Neighbor-Joining) с помощью той же программы eneighbor,
по методу наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood) с помощью программы ednaml,
по методу максимальной экономии (Parsimony) с помощью программы ednapars.

Ветвь	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`ABCDEF`	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`110000`	+	+	+	+	+
`001100`	+	+	+	+	+
`111100`	+	+	+	+	+

Neighbor-joining method


     +-----C         
  +--3  
  !  +------D         
  !  
  !                            +-------E         
--4----------------------------1  
  !                            +-------F         
  !  
  !  +------A         
  +--2  
     +-------B

((C:0.19998,D:0.22952):0.08699,(E:0.27692,F:0.27418):0.95939,(A:0.23642, B:0.25348):0.09714);

Maximum Likelihood method


  +-------B         
  !  
  !                                              +--------F         
  !  +-------------------------------------------4  
  !  !                                           +---------E         
--1--3  
  !  !  +-------D         
  !  +--2  
  !     +------C         
  !  
  +--------A

(B:0.25988,((F:0.31353,E:0.33325):1.46378,(D:0.25330, C:0.22786):0.09664):0.09503,A:0.28648);

Parsimony method


              +--F         
        +-----5  
        !     +--E         
     +--4  
     !  !     +--D         
  +--2  +-----3  
  !  !        +--C         
--1  !  
  !  +-----------B         
  !  
  +--------------A

((((F,E),(D,C)),B),A);

UPGMA method


                                  +--------------A         
                             +----2  
                             !    +--------------B         
  +--------------------------4  
  !                          !      +------------C         
  !                          +------1  
--5                                 +------------D         
  !  
  !                             +----------------E         
  +-----------------------------3  
                                +----------------F

(((A:0.24495,B:0.24495):0.07696,(C:0.21475,D:0.21475):0.10716):0.45651, (E:0.27555,F:0.27555):0.50287);

В данном случае наилучший результат был получен методом UPGMA, так как этот метод основан на гипотезе молекулярных часов эволюции в рамках которой строилась наша модель. Но реальные биологические данные далеко не всегда описываются этой гипотезой, вследствие чего метод UPGMA часто выдаёт неправильные результаты.