Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов метионил-тРНК-формилтрансферазы кишечной палочки (FMT_ECOLI).

Матрица попарного сходства (процент совпадения) последовательностей полученной выборки ортологов.

Более подробную информацию о сравниваемых белках можно найти здесь.

Множественное выравнивание.

Консервативные остатки выделены цветом: абсолютно консервативные - красным, консервативные более чем на 80 процентов - оранжевым.

Изображение 3D-структуры белка FMT_ECOLI с отмеченными консервативными остатками.

Это пространственное изображение N-формилметионина (FME) — субстрата белка FMT_ECOLI, и участка этого белка, прилегающего к его субстрату. Подписаны консервативные остатки на расстоянии 5 ангстрем от субстрата.

Здесь изображены только субстрат белка (FME) и консервативные (в моей выборке на 100%) аминокислотные остатки на расстоянии 5 ангстрем от него. Кроме обозначенных остатков на расстоянии не более 5 ангстрем от FME находятся участки остатков Gly 111 и Tyr 168, но они не столь консервативны (в моей выборке менее 80%). В некоторых ортологах они заменяются на близкие по свойствам остатки (глицин - на аланин, тирозин - на гистидин).

Хочется сделать вывод о том, что консервативность данных остатков обусловлена их большой важностью для взаимодействия с субстратом, но помимо этих остатков есть весьма много не менее консервативных остатков, и даже не отдельных остатков, а целых мотивов, притом что такую же большую функциональную нагрузку, как связывание субстрата, несут, по крайней мере, не все консервативные в данной выборке остатки и мотивы.

Просто были взяты достаточно близкие гомологи. А вот если бы взяли выборку дальних гомологов, там, скорее всего, аминокислотные остатки, взаимодействующие с лигандом, заметно превосходили бы по консервативности все или почти все прочие участки последовательности.

Хотя, возможно, есть ещё много важных участков последовательности. Например, участки, взаимодействующие с рибонуклеотидными цепями (субстратом на самом деле является не одна маленькая молекула N-формилметионина, а весь её комплекс с тРНК).