Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

Поиск одного из ключевых слов, соответствующих белку FMT_ECOLI, среди терминов GO.

Термин — methionyl-tRNA formyltransferase activity
(метионил-тРНК формилтрансферазная активность)
Идентификатор GO
Количество синонимов — 0
Определение термина — Катализ следующей реакции:
10-формилтетрагидрофолат + L-метионил-тРНК + H2O = тетрагидрофолат + N-формилметионил-тРНК
Количество родителей — 1 (is_a связь)
Количество дочерних терминов — нет

Показать, чем отличаются связи типа is_a и типа part_of на примере полученного графа оказалось невозможным, т.к. в этом графе присутствуют только связи типа is_a.

Различие между связями is_a и part_of видно из их определений:

Связь is_a указывает на то, что дочерний термин, из которого выходит стрелочка, является частным случем родительского термина, в который входит стрелочка.
Связь part_of указывает на то, что дочерний термин, из которого выходит стрелочка, является частным случем родительского термина, в который входит стрелочка, но родительский термин может и не заключать в себе дочернего.

Исследование качества аннотации функции у белков Rattus norvegicus, локализованных в эндоплазматическом ретикулюме.

Протеом Rattus norvegicus.
Результаты поиска в UniProt, 05.04.2006г.

Количество белков Запрос в SRS

(1) Всего 14796 (([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*])

(1.1) С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 3142 ((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]))

(1.1.1) локализованных в эндоплазматическом ретикулуме из числа (1.1) 48 (((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) & (([uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic*] & [uniprot-DBxref_:reticulum*]) | [uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic reticulum*]))

(1.1.2) С самыми хорошими доказательствами (TAS и/или IDA) хотя бы для одной функции для белков из числа (1.1) 602 (((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) & ([uniprot-DBxref_:TAS.] | [uniprot-DBxref_:IDA.]))

(1.1.3) с самыми плохими доказательствами (IEA) хотя бы для одной функции для белков из числа (1.1) 2348 (((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) & [uniprot-DBxref_:IEA.])

При выполнении задания использовалась общепринятая иерархиия кодов доказательств, согласно которой наличие самых плохих доказательств соответствует коду IEA (взятые из какой-либо базы данных без проверки куратором).

Изображение Rattus norvegicus (крыса):

	Количество белков	Запрос в SRS
(1) Всего	14796	(([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*])
(1.1) С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	3142	((([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:]))
(1.1.1) локализованных в эндоплазматическом ретикулуме из числа (1.1)	48	(((([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:])) & (([uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic] & [uniprot-DBxref_:reticulum]) \| [uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic reticulum*]))
(1.1.2) С самыми хорошими доказательствами (TAS и/или IDA) хотя бы для одной функции для белков из числа (1.1)	602	(((([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:])) & ([uniprot-DBxref_:TAS.] \| [uniprot-DBxref_:IDA.]))
(1.1.3) с самыми плохими доказательствами (IEA) хотя бы для одной функции для белков из числа (1.1)	2348	(((([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:])) & [uniprot-DBxref_:IEA.])