Бактерия Amycolatopsis mediterranei U32
Главная

Описание генома бактерии Amycolatopsis mediterranei U32

Геном бактерии Amycolatopsis mediterranei U32 состоит из одной хромосомы, то есть из одной двухцепочечной молекулы ДНК. Он описан в записи данных NC_014318 базы данных RefSeq. Длина генома – 10 236 715 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных цепей ДНК.

По данным записи NC_014318 в геноме закодировано 9 292 гена. Из них 9 228 кодируют белки, остальные 64 – РНК.

Описание оперона АТФ-синтазы в геноме Amycolatopsis mediterranei U32

АТФ-синтаза – белок, состоящий из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе АТФ – молекул, аккумулирующих энергию; α-субъединица АТФ-синтазы закодирована на комплементарной цепи, см. риссунок 1, на котором ее ген обозначен atpA.

Рис. 1. Окрестность гена atpA в геноме Amycolatopsis mediterranei U32 Приведён участок хромосомы с координатами 8 546 038 – 694 568. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)

На рисунке 1 можно увидеть все со-направленные с atpA гены от AMED_7771 до AMED_7785(не включая их самих). Все со-направленные гены описаны также в таблице 1. Из таблицы следует, что возможный оперон включает 13 белков, из них 8 описаны как компоненты АТФ синтазы.

Таблица 1. Гены, предположительно, входящие в один оперон с геном atpA Предыдущий и следующий гены расположены на прямой цепи (то есть в ориентации +1), в таблицу они не включены
№ Начало Конец Ориентация Поле /product Перевод
1 8 558 521 8 559 171 -1 SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein
2 8 557 289 8 558 446 -1 Undecaprenyl-phosphate alpha-N-acetylglucosaminyltransferase
3 8 556 798 8 557 241 -1 Hypothetical protein Гипотетический белок
4 8 555 502 8 556 287 -1 F-type H+-transporting ATPase subunit a H+-транспортирующая АТФ-аза типа F, субъединица a
5 8 555 183 8 555 446 -1 F-type H+-transporting ATPase subunit c H+-транспортирующая АТФ-аза типа F, субъединица c
6 8 554 592 8 555 152 -1 F-type H+-transporting ATPase subunit b H+-транспортирующая АТФ-аза типа F, субъединица b
7 8 553 762 8 554 586 -1 F-type H+-transporting ATPase subunit δ H+-транспортирующая АТФ-аза типа F, субъединица δ
8 8 552 064 8 553 704 -1 F-type H+-transporting ATPase subunit α H+-транспортирующая АТФ-аза типа F, субъединица α
9 8 551 114 8 552 052 -1 F-type H+-transporting ATPase subunit γ H+-транспортирующая АТФ-аза типа F, субъединица γ
10 8 549 687 8 551 114 -1 F-type H+-transporting ATPase subunit β H+-транспортирующая АТФ-аза типа F, субъединица β
11 8 549 207 8 549 572 -1 F-type H+-transporting ATPase subunit ε H+-транспортирующая АТФ-аза типа F, субъединица ε
12 8 548 747 8 549 181 -1 Hypothetical protein Гипотетический белок
13 8 547 406 8 548 644 -1 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
Обо мне
Ссылки

© Denis Moshensky, 2013
Дата последнего изменения: 27.12.2013
Задавайте вопросы по электронной почте

Valid HTML 4.01 Transitional