Белок, синтезирующий 3-амино-5-гидроксибензольная кислоту (AHBA synthase)
Главная

Описание белка, синтезирующего 3-амино-5-гидроксибензольная кислоту (AHBA synthase) из бактерии Amycolatopsis mediterranei U32

Информация о белке и его гене, полученная из записи NC_014318 базы данных RefSeq c полным геномом бактерии, приведена в таблице 1. На рисунке 1 изображена окрестность в геноме гена описываемого белка

Таблица 1. Информация о белке, синтезирующем 3-амино-5-гидроксибензольную кислоту из бактерии Amycolatopsis mediterranei U32 (идентификатор YP_003762849.1 в базе RefSeq)
Вид информации Квалификатор в записи генома Значение
Локус гена в геноме /locus_tag AMED_0627
Имя гена /gene rifK
Идентификатор гена в базе данных NCBI Gene /db_xref=”GeneID:…” 9434845
Начало гена в геноме - 684 231
Конец гена в геноме - 685 397
На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) - Прямая
Длина гена (в парах нуклеотидов) - 1167
Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein /protein_id YP_003762849.1
Длина белка (в аминокислотных остатках) - 388

Рис. 1. Геномная окрестность гена белка 3-амино-5-гидроксибензольной кислоты из генома бактерии Amycolatopsis mediterranei U32. Ген отмечен черной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)

Из рисунка следует, что соседние гены сонаправлены с данным. Расстояния между геном и соседом с 5’-конца - 139 пар нуклеотидов, с 3’-конца – 227 пар нуклеотидов. Вероятно, эти три гена могут быть в одном опероне поскольку они сонаправлены. Возможно, что в оперон входят еще три гена с 5’-конца и два с 3’-конца, см. рисунок 1.

Обо мне
Ссылки

© Denis Moshensky, 2013
Дата последнего изменения: 27.12.2013
Задавайте вопросы по электронной почте

Valid HTML 4.01 Transitional