Поиск гомологов белка AHBA synthase (идентификатор UniProt D8HZ92_AMYMU) с помощью программы protein blast

Параметры поиска гомологичных последовательностей были выбраны по умолчанию. Среди результатов поиска была выбрана последовательность белка аминотрансферазы организма Pseudomonas aeruginosa PAO1. Информация о сходстве найденного белка с данным представлена в таблице 1. Расшифровка столбцов таблицы приведена ниже.

Descriprion - описание найденной белковой последовательности;
Max score - максимальный вес выравнивания участка последовательности данного белка и участка последовательности белка из базы данных, в которой ведётся поиск;
Total score - суммарный вес выравнвианий участков найденной последовательности, гомологичных определённым участкам данной последовательности. Соответственно, значение Max score отличается от значения Total score, если таких участков (matches) несколько;
Query cover - процент от длины последовательности данного белка, для которого были выявлены гомологичные участки в найденной последовательности. Если участков гомологии несколько, то процент суммируется;
E-value - ожидаемое количество последовательностей с данным либо большим весом выравнивания.

Выравнивание для данного белка и найденного гомолога:

Query  22   GLVRALEQGQWWRMGGDEVNSFEREFAAHHGAAHALAVTNGTHALELALQVMGVGPGTEV  81
            G+ R L  GQ+  + G EV   E   A   GA + ++  NGT AL++    +GVGPG EV
Sbjct  21   GIQRVLRHGQY--ILGPEVTELEDRLADFVGAKYCISCANGTDALQIVQMALGVGPGDEV  78

Query  82   IVPAFTFISSSQAAQRLGAVTVPVDVDAATYNLDPEAVAAAVTPRTKVIMPVHMAGLMAD  141
            I P FT++++++    LGA  V VD+D  TYNLDP+ + AA+TPRTK I+PV + G  AD
Sbjct  79   ITPGFTYVATAETVALLGAKPVYVDIDPRTYNLDPQLLEAAITPRTKAIIPVSLYGQCAD  138

Query  142  MDALAKISADTGVPLLQDAAHAHGARWQGKRVGELDSIATFSFQNGK-LMTAGEGGAVVF  200
             DA+  I++  G+P+++DAA + GA ++GKR   L ++A  SF   K L   G+GGA+  
Sbjct  139  FDAINAIASKYGIPVIEDAAQSFGASYKGKRSCNLSTVACTSFFPSKPLGCYGDGGAIFT  198

Query  201  PDGETEKYETAFLRHSCGRPRDDRRYFHKIAGSNMRLNEFSASVLRAQLARLDEQIAVRD  260
             D E         RH       DRRY H   G N RL+   A++L  +L   +E+IA+R 
Sbjct  199  NDDELATAIRQIARHG-----QDRRYHHIRVGVNSRLDTLQAAILLPKLEIFEEEIALRQ  253

Query  261  E  261
            +
Sbjct  254  K  254  

Участок сходства имеет координаты 22-261 для последовательности AHBA synthase A. mediterranei и 21-254 для найденной. Найденная последовательность имеет длину 359 аминокислотных остатков. Протяжённость выравнивания 241 остаток. Примерно 67% длины найденной последовательности было выровнено с участком query последовательности AHBA synthase A. mediterranei. 97 (40% от числа позиций выравнивания) остатков найденной последовательности идентичны остаткам последовательности AHBA synthase A. mediterranei, сходных остатков 43 (18% от числа позиций выравнивания).

Карта локального сходства между query и выбранной находкой

С помощью одного из сервисов BLAST была построена карта локального сходства участка query и участка найденной последовательности (рис. 1). Из dot-матрицы видно, что последовательности обладают высоким уровнем сходства, за исключением небольших участков в началае и конце выравнивания.

Поиск гомологов последовательности AHBA synthase A. mediterranei в Uniprot/SwissProt

Среди белков представителей эукариот гомологов данного белка найдено не было. Дальнейший поиск гомологов был произведён среди белков представителей типа Actinobacteria. Было найдено 18 последовательностей, для которых величина E-value имеет значение менее 0.001. Скриншот с результатами поиска представлен на рис. 2.

Было сохранено выравнивание 11 найденных последовательностей. Выравнивание представлено на рис. 3. Всего было найдено 40 (9.6% от длины выравнвиания) абсолютно консервативных позиций. Некоторые колонки были выделены программой Jalview, несмотря на то, что не все аминокислоты в этой позиции совпадают. Такие колонки не учитывались. Функционально консервативных позиций был найдено 43 (10% от длины выравнвиания). Количество консервативных позиций достаточно для того, чтобы сделать вывод о гомологичности последовательностей. Файл с выравнивание можно скачать по ссылке.