| Главная |
PSI-BLAST (Position Specific Iterative BLAST) - программа для поиска удаленных гомологов белков.
Вначале проводится поиск последовательностей, сходной с данной, то есть обычный BLAST.
Далее на основе множественного выравнивания находок с достаточно малым E-value строится PSSM (Position-Specific Scoring Matrix).
Пороговое значение E-value по умолчанию - 0.005, впрочем, его можно менять.
На следующей итерации последовательности выравниваются уже относительно множественного выравнивания, при этом вес выравнивания считается по профилю PSSM.
Строится новое множественное выравнивание и новый профиль PSSM.
Проводят несколько итераций до тех пор, пока число последовательностей, поданных на вход, не совпадет с результатом.
Это будет означать, что найдены все сходные последовательности.
Для поиска гомологов была выбрана последовательность с AC Q3SXS7.
Это запись последовательности белка из суперсемейства рецепторов факторов некроза опухоли (tumor necrosis factor receptor superfamily).
Организм, которому принадлежит белок, - домовая мышь (Mus musculus).
Таким образом, цель - найти другие белки этого суперсемейства.
Входные данные: АС белка и база данных, в которой будет проводиться поиск. В данном случае я выбрал базу RefSeq. Пороговое значение E-value 0.005.
Результаты итераций PSI-BLAST сведены в таблицу 1.
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
|---|
| 1 | 79 | XP_005422009.1 | 0.002 | XP_004481317.1 | 0.016 |
| 2 | 83 | XP_005598965.1 | 0.003 | WP_017613328.1 | 5.9 |
| 3 | 146 | XP_004604389.1 | 4e-05 | XP_005871793.1 | 0.011 |
| 4 | 176 | XP_003221050.1 | 4e-05 | XP_005054102.1 | 0.013 |
| 5 | 182 | XP_005947083.1 | 0.003 | XP_004576101.1 | 0.011 |
| 6 | 183 | XP_005054102.1 | 9e-05 | XP_007910632.1 | 0.018 |
| 7 | 183 | XP_005054102.1 | 1e-04 | XP_007910632.1 | 0.011 |
После седьмой итерации появилось сообщение: No new sequences were found above the 0.005 threshold.
Значит, на этом поиск окончен. Всего найдено 183 последовательности.
Множественное выравнивание всех находок: загрузить. |
|
|
| Обо мне |
| Ссылки |
| |
