Поиск компанентов АТФ-синтазы бактерии Amycolatopsis mediterranei штамм U32

Были найдены белки-компоненты АТФ-синтазы бактерии Amycolatopsis mediterranei штамм U32. Удалось найти 10 компонентов АТФ-синтазы. Из них в Uniprot/Swissprot не вошло ни одного белка. Существование девяти белков оценивается как “Inferred from homology”, одного (белок гена purK) как “predicted”. Результат последенего запроса:

((name:"atp synthase" OR name:"atpase subunit") NOT name:transporter) AND organism:"Amycolatopsis mediterranei (strain U-32)"

Можно увидеть на рисунке 1.

Последовательности найденных белков в формате fasta: uniprot_fasta.fasta

Восемь из десяти генов ко-локализованы и занимают позиции с 7774 по 7781 в локусе AMED. Неко-локализованные гены atpE и purK занимают 4047 и 992 позиции соответственно.

Поиск компанентов АТФ-синтазы бактерии Amycolatopsis mediterranei штамм S699

Аналогичный поиск был проведён для бактерии из того же рода Amycolatopsis mediterranei штамм S699. Было найдено 12 компонентов АТФ-синтаз. Все белки относятся к UniProtKB/TrEMBL. Существование 11 белков оценивается как “Inferred from homology” и однго как "Predicted". Результат последнего запроса можно увидеть на рис.2.

Последовательности найденных белков в формате fasta: uniprotS699_fasta.fasta

Историю всех запросов можно посмотреть в таблице

Поиск гомологов субъединицы АТФ-синтазы

Поиск гомологов был осуществлён с помощью сервиса Blast в Uniprot. Параметры поиска: Database – UniProtKb, Threshold – 10, Matrix – Auto, Filtering – None, Gapped – yes, Hits – 250. Были выбраны 10 белков с процентом схожести не менее 80% представителей и разных таксонов (приоритетным считалось отличие, по крайней мере, вида). Некоторые результаты поиска представлены на рис.3. Последовательности гомологов в формате fasta: uniprot_homologs_fasta.fasta