Для картирования была использована программа BWA (Burrows-Wheeler Alignment Tool). Сначала была проведена индексация референсного генома:

bwa index organellas.fasta

Далее был использован алгоритм BWA-MEM:

bwa mem organellas.fasta out.fastq > bwa.sam

Для анализа полученного выравнивания использовалась программа samtools , работающая с данными в формате bam, в который их можно перевести с помощью подпрограммы view:

samtools view -b -S -h bwa.sam > bwa.bam

Для выяснения количества чтений, откартировавшихся на каждый геном, была использована подпрограмма idxststs:

samtools sort bwa.bam bwa_sort
samtools index bwa_sort.bam
samtools idxstats bwa_sort.bam

Полученный результат:

        ENA|AP000423|AP000423.1 154478  402262  0
        ENA|Y08501|Y08501.2     366924  43862   0
        *       0       0       1878230
        

На хлоропласт откартировалось 402262 рида, а на митохондрию - 43862 рида.

Среднее покрытие каждой из органелл было выяснено подпрограммой samtools depth:

samtools depth bwa_sort.bam > cover.txt

Получилось, что среднее покрытие для хлоропласта составляет 258, а для митохондрии 12.