Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов

С помощью программы einverted из пакета EMBOSS, позволяющей найти инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях, были найены возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК. Наиболее удачный результат получился при minimum score threshold 15 и остальных параметрах по умолчанию. Результат работы представлен файле sequence.inv .

Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера

С помощью программы mfold из пакета EMBOSS, реализующей алгоритм Зукера, была получена вторичная структура тРНК, представленная на рис. 1.

Сравнение данных полученных программами findpair, einverted и mfold приведено в таблице 1.

Поиск ДНК-белковых контактов

Информация о контактах ДНК и белка в коплексе 1TRO.pdb приведена в таблице 2. Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5 ангстрем. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5 ангстрем.

На рис. 2 приведена схема ДНК-белковых контактов в комплексе с идентификатором 1TRO в базе PDB.

Аминокислотный остаток Arg69, имеющий 4 контакта (изображен на рис. 3), на мой взгляд, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК, так как он связывается с азотистым основанием и имеет 4 контакта.