Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

Выданный мне 300-нуклеотидный фрагмент принадлежит геному бактерии Mycoplasma leachii (NC_017521.1). Для поиска была использована программа megablast. Поиск проводился по базе данных refseq_genomic, только среди бактерий и архей. По результатам поиска исходная последовательность является частью гена белка DnaA (идентификатор refseq: WP_014584310.1), с координатами в геноме 919..1218.

Поиск гомолога белка человека в слоне

Из белков человека, идентификаторы Swiss-Prot которых начинаются на первые три буквы моей фамилии, был выбран белок MOS1_HUMAN. Для получения всех идентификаторов белков человека из Swiss-Prot, начинающихся на "MOS", была использована команда:

infoseq sw:mos*_human -only -name -desc -out file_name.txt

Для получения файла с последовательностью белка MOS1_HUMAN (выбранный белок) была использована команда:

seqret sw:mos1_human -auto

В результате поиска на сайте NCBI была найдена находка с E-value 1e-51 (на сайте ENA 1e-28), identity 97%, длиной выравнивания 76 (найденная последовательность на 2 аминокислоты короче). Найденный белок является субъединицей MIC10, комплекса MINOS1, расположенного на обратной цепи с координатами 2,783,670..2,821,419. В комплексе 6 интронов.

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Для анализа была выбрана последовательность тРНК из генома бактерии Amycolayopsis mediterranei U32 с координатами гена 260746..260832

Был проведен поиск гомологичных последовательностей у представителей того же порядка Actinomycetales с помощью megablast и blastn.

megablast (параметры по умолчанию): 7 находок с E-value < 0.001

blastn (параметры по умолчанию): 126 находок с E-value < 0.001

При выборе более чувстаительных параметров для blastn было найдено намного больше находок со значением e-value < 0.001. Увеличение количества находок произошло не только за счет находок с E-value порядка 10^-4. Возможно blastn с более чувстаительными параметрами может найти больше гомологичных последовательностей, если задать правильный порог E-value, но работает дольше.