Филогенетическое дерево бактерий

Для выполнения этого задания я выбрал 8 бактерий. Расшифровка мнемоник выбранных организмов приведена в таблице 1.

Скобочная форма дерева:

(CLOB1:5,((STAES:3,(LISMO:2,(BACAN,GEOKA))),(LACAC:3,(STRP1:2,ENTFA:2))))

Изображение филогенетического дерева для организмов из таблицы 1 представлено на рис. 1.

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:

1) {CLOB1,STAES,LISMO,BACAN,GEOKA} против {LACAC,STRP1,ENTFA}

2) {STAES,LISMO,BACAN,GEOKA} против {CLOB1,LACAC,STRP1,ENTFA}

3) {CLOB1,STAES,LISMO,BACAN,GEOCA,LACAC} против {STRP1,ENTFA}

4) {CLOB1,STAES,LACAC,STRP1,ENTFA} против {LISMO,BACAN,GEOCA}

5) {CLOB1,STAES,LISMO,LACAC,STRP1,ENTFA} против {BACAN,GEOKA}

Реконструкция филогении

В таблице 2 приведена информация, к каким таксонам относятся выбранные бактерии.

Нетривиальные ветви 1 и 2 выделяют порядки Lactobacillales и Bacillales соответственно. Ветвь 5 выделяет семейство Bacillaceae.

Укоренение в среднюю точку

Методом Neighbor-Joining using % identity было построено филогенетическое дерево выбранных бактерий на основе сродства белка фактора элонгации трансляции G (рис. 2).

С помощью программы retree пакета PHYLIP полученное дерево было укоренено в среднюю точку (рис. 3).

Можно заметить, что после укоренения дерева в среднюю точку изменились только длины ветвей, а узлы остались такими же.