Работа с KEGG ORTHOLOGY

Для выполнения задания был взят пентозофосфатный путь (рис. 1). Результатом данного пути являются НАДН и пентозы, получающиеся из фосфорилированной глюкозы. Фосфорилированная глюкоза, в свою очередь, получается в результате гликолиза.

Критериям задания соответствовала реакция, катализируемая ферментом с идентификатором в базе данных ENZYME 1.2.99.8. Этот фермент является глицеральдегидрогеназой, состоящей из трех субъединиц: большой, средней и малой. Этим субъединицам соответствуют ортологические ряды белков (перечислены в том же порядке): K18020 (20 белков), K18021 (19 белков), K18022 (18 белков).

Далее было получено выравнивание всех белков из выше перечисленных ортологических рядов (проект JalView). По полученному выравниванию был сделан вывод о том, что три субъединицы не гомологичны между собой, то есть выранивание распадается на 3 негомологичных группы (внутри групп выравнивание хорошее). Соответственно построение дерева не имеет смысла.