Для выполнения задания было проанализировано геномное окружение белка AHBA synthase (идентификатор RefSeq Proteins YP_003762849.1) из бактерии Amycolatopsis mediterranei U32. Для этого была использована база данных STRING. На рисунке 1 представлен граф взаимодействий для этого белка, полученный из базы данных STRING на первом уровне близости. В "центре" графа - исходный белок, на рисунке видно, что для этого белка выявлена пространственная структура.

4 белка (нижних) участвуют в биосинтезе ансамицинов и антибиотиков

Геномное окружение белка AHBA синтаза с точностью до филума приведено на рис. 2.

Полное развернутое дерево геномного окружения можно посмотреть тут. В нем раскрыты все ветви, для которых в базе данных представлено геномное окружение. Cхемы расположения генов AMED_0207-rifK и rifS-rifK характерны для большинства групп организмов.

Образование оперонов возможно, так как в подавляющем большенстве таксонов какие-то из данных 6 генов располагаются друг за другом.

Образование сшивок не замечено

На рисунке 3 представлена совместная встречаемость найденных белков. Яркость красного цвета квадрата коррелирует с уровнем достоверности гомологии.

Из рисунка 3 не видно особого патерна встречаемости, однако наиболее достоверные гомологи встречаются для амино DHQ дегидрогеназы (rifJ).