Анализ множественного выравнивания

Вначале была составлена выборка гомологов белка Potassium channel subfamily K member 4 (идентификатор PDB - 4WFG), состоящая из 20 белков эукариот. Гомологов данного белка не было обнаружено среди бактерий и архей. Это, возможно, с тем, что ни бактериям, ни археям не нужны ионные каналлы, так как это одноклеточные организмы, и у них нет нервной системы.

Далее было построено множественное выравнивание отобранных гомологов с помощью программы Muscle (проект JalView). В полученное выранивание была добавлена аннотация по трансмембранным спиралям из известной структуры белка 4WFG. Изображение структуры представлено на рис. 1.

Участки, относящиеся к трансмембранным спиралям не являются консервативными, так как при выставленном достаточно низком пороге на совпадающие позиции на структуре выделено мало амиокислотных остатков. Между спиралями участки тоже не отличаются консервативностью. Присутствует около 20 консервативных гидрофобных аминокислотных остаков.

В целом предсказание трансмембранных спиралей программой TMHMM дает хорошие результаты: не найдена была только однатрансмембранная спираль из пяти и найдена одна новая. Белок с известной структурой является человеческим, а предсказание было сделано по белку арабидопсиса, поэтому нельзя утвеждать об ошибочности аннотации программы.