Рассмотрим бета-лист белка BIOH_Ecoli:
Эти рисунки наглядно демонстрируют, что водородные связи, поддерживающие эту структуру расположены упорядоченно.
Сформулируем правило, по которому можно вычислить остовные атомы, участвующие в образовании водородных связей бета-структуры. Если рассмотреть белок с точки зрения его вторичной структуры, то можно заметить, что в нём бета-элементы постоянно чередуются с альфа-спиралями через один (т.е. бета – альфа – бета – альфа....). Рассмотрим бета-структуру. Она начинается с двух антипараллельных элементов, однако все последующие элементы параллельны. Рассмотрим сначала антипараллельный элемент. В нем при возрастании номера остатка одной бета-складки уменьшается номер остатка другой складки по следующему закону: азот (N7) образует водородную связь с кислородом (O44), и кислород7 – с азотом44 (после названия атома стоит номер остатка). Таким образом, в общем виде, образуются пары: Nn – Om, On – Nm, N(n+1) – O(m-1), O(n+1) – N(m-1), ….. с шагом 1. Здесь n – номер первого остатка бета-складки, а m – номер последнего (так как цепи противонаправленны) остатка антипараллельной ей складки. Рассмотрим теперь параллельный участок. Здесь N45 образует водородную связь с O18, а O43 – с N18. Общее правило: On – Nm, N(n+2) – Om, O(n+2) – N(m+2), N(n+4) – O(m+2) …….с шагом 2. Здесь n и m – номера первых (цепи сонаправленны)остатков параллельных бета-элементов. Поскольку длины последовательностей альфа-спиралей, разделяющих бета-листы, неодинаковы, сложно привести более общую формулу.