Учебный сайт Люды Андреевой

Торсионные углы - это углы поворота вокруг связей в остове белка: угол фи - угол поворота вокруг связи между N и C(A)-атомами, угол пси - между C(A) и C(O)-атомами. Значение этих углов определяет положение белка в пространстве. Точечные диаграммы распределения углов фи и пси называют Картами Рамачандрана. Они показывают наиболее энергетически выгодное состояние белка, оптимальное значение этих двугранных углов. Рассмотрим такую точечную диаграмму бета-структуры белка 1M33: Как видно на диаграмме, областью наиболее часто встречаемых значений торсионных углов фи и пси в бета-структуре является: по фи – от (-160) до (-70), по пси – от 90 до 180 градусов, т.е. можно сказать, что для бетта-листа характерно отрицательное значение углов фи и положительное - углов пси. Рассмотрим структуру белка BIOH_Ecoli: На рисунке розовым обозначены альфа-спирали, желтым - бета-тяжи, серым - участки нерегулярной вторичной структуры. Судя по этому рисунку, белок состоит из чередующихся альфа-спиралей и бета-складок. Рассмотрим теперь точечную диаграмму всей структуры белка 1M33: Так как, как раньше уже говорилось, белок состоит почти что в равной степени из альфа-спиралей и бета-складок, на диаграмме выделяются две области наиболее часто встречающихся значений: область, соответствующая бета-структуре (см. выше), и область от (-135) до (-40) градусов по фи и от (-60) до (60) градусов по пси, соответствующая, вероятоно, альфа-спирали.