Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Шестой семестр

Результаты упражнений

Докинг

smi запись субстрата
CC(=O)N[C@@H]1[C@H]([C@@H]([C@H](O[C@H]1O)CO)O)O

Произвели докинг жесткого субстрата в жесткий АЦ.
Выдержка из log файла

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -6.2      0.000      0.000
   2         -5.8      2.956      4.476
   3         -5.8      2.001      3.505

Кадры

Произвели докинг жесткого субстрата в гибкий АЦ

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.7      0.000      0.000
   2         -5.7      1.979      3.417
   3         -5.5      1.058      2.211

Визуальное сравнение в PyMol показало, что нет в обоих случаях.
Модифицированные лиганды CH3 => OH, NH2, H

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.8      0.000      0.000
   2         -5.8      2.619      4.515
   3         -5.7      1.867      3.410
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -6.0      0.000      0.000
   2         -5.9      2.728      4.616
   3         -5.8      1.729      2.407
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.3      0.000      0.000
   2         -5.3      2.506      4.428
   3         -5.2      1.879      2.415

Главная

Шестой Семестр

H1>