Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Шестой семестр
Главная
Первый семестр
Второй семестр
Четвертый семестр

Результаты упражнений

Cеми-эмпирические вычисления: Mopac


1.Создадим текстовый файл 1.smi, в котором введем SMILE порфирина, а через несколько пробелов porphyrin.

Построим 3D структуру порфирина, воспользуясь babel (obgen 1.smi > 1.mol)

Удалим ненужные водороды в PyMol, сохраним результат в pdb.



С помощью babel переформатируем координаты в mol формате во входной файл для Mopac. (babel -ipdb porphyrin.pdb -omop 1_opt.mop -xk "PM6")

Запустим Mopac (MOPAC2009.exe 1_opt.mop)

Для сравнения переформатируем результат 1_opt.out в pdb (babel -imopout 1_opt.out -opdb 1_opt.pdb)


Проведем оптимизацию с параметризацией AM1 (babel -ipdb myfile.pdb -omop 1_opt.mop -xk "AM1")


Структура, полученная obgen не плоская, а Mopac- плоская.

2.Рассчитаем возбужденные состояния порфирина.

Для расчёта возбуждённых состояний сделаем копию mop файла (1_opt_spectr.mop).

Для указания Mopac о необходимости расчёта возбуждённого состояния добавим в конец файла: пустую строку cis c.i.=4 meci oldgeo

Запустим Mopac. В конце файла - значения энергий для электронных переходов. 


STATE       ENERGY (EV)        Q.N.  SPIN   SYMMETRY     POLARIZATION
         ABSOLUTE     RELATIVE                            X       Y       Z

    1+    0.000000    0.000000     1+  SINGLET     ????
    2     1.914365    1.914365     1   TRIPLET     ????
    3     2.266802    2.266802     2   SINGLET     ????
    4     2.464170    2.464170     2   TRIPLET     ????
    5     2.825733    2.825733     3   TRIPLET     ????
    6     3.364386    3.364386     4   TRIPLET     ????
    7     3.391543    3.391543     3   SINGLET     ????  0.2039  0.2358  0.0011
    8     3.669162    3.669162     4   SINGLET     ????  2.3831  2.0450  0.0084
    9     3.871959    3.871959     5   SINGLET     ????  1.5500  1.7860  0.0085

Рассчитаем длину волн при которых происходят эти переходы.
Энергия (EV) Длина волны (нм)
1,913312 648,913002
2,266014 547,910575
2,463186 504,0516769
2,823915 439,6637412
3,362161 369,2782808
3,389757 366,2719876
3,669242 338,3731664
3,871323 320,7102672

3.Для молекулы O=C1C=CC(=O)C=C1 определим геометрию с помощью obgen и Мopac.
Мopac obgen

Различий нет.

Определим геометрию дианиона этой молекулы.

Потом явным способом укажим, на каких атомах должен находиться отрицательный заряд и в первую строчку mop файла добавим слово CHARGE=-2 (ben_opt2.mop).

Сравним с незаряженной молекулой Mopac.

Связь углерода с кислородом (кислород красный) длиннее, чем у незаряженной молекулы (синим), т.к. в молекуле дианиона кислороды отталкиваются. Кольцо дианиона (зеленое)меньше в диаметре, чем у незаряженной молекулы(желтым)

4.

Главная Шестой Семестр
H1>