Шестой семестр

Вычисление параметров для молекулярной механики

$DATA
eth
C1
 C   
 C      1   cc 
 H      2   ch   1   cchv 
 H      2   ch   1   cch   3   d1 0
 H      2   ch   1   cch   3   d2 0
 H      1   ch   2   cch   3   d3 0
 H      1   ch   2   cch   5   d3 0
 H      1   chv  2   cch   4   d3 0

cc=1.52986
ch=1.08439
chv=1.08439
cch=111.200
cchv=111.200
d1=120
d2=-120
d3=180
 $END




Составим файл-заготовку для размножения, пусть имя файла будет et.inp. 

Теперь создадим текстовый файл скрипта make_b.bash : 
make_b.bash
Запустим скрипт : Это и будут входные файлы для оптимизации геометрии средствами GAMESS. 
Появился 21 inp файл и в каждом разное значение для переменной сс.

2.Запустим расчёт для этих файлов, для этого перед строчкой с done 
вставим запуск Gamess: gms b_${i}.inp 1 > b_${i}.log
Теперь нам надо извлечь значение энергии из log файла. 
Удобно воспользоваться awk.
Сначала в скрипте комментируем запуск Gamess поставив в начало строчки c gms # . 
Добавим после за комментированной строчки вызов awk, при этом мы ищем строчку с TOTAL ENERGY и 
печатаем 4ое поле считая что поля разделены пробелами:
awk '/TOTAL ENERGY =/{print $4}'  b_${i}.log 
Запустим скрипт. На экране должно появится 21 значение энергии. 
Теперь удобно было бы выводить и значение длины связи, для этого добавим
 перед вызовом awk распечатку переменой nb. 
Распечатаем переменную и несколько пробелов без переноса строки:
echo -n "$nb    "

Теперь запустим скрипт, получим (bond),перенаправим поток в файл : 
bash ./make_b.bash > bond

3.Эту зависимость построим в gnuplot.
Сохраним значения коэффициентов
a               = -79.7652         +/- 0.0004522    (0.000567%)
k               = 0.563608         +/- 0.02335      (4.142%)
b               = 1.55432          +/- 0.002455     (0.1579%)

Большая ошибка для k, из-за этого функция и точки совпадают не точно.

  

6.Проделаем аналогичные операции для валентного угла HCH, его значения должны изменяться от 109.2 до 113.2. 
make_b_2.bash
углы_энергии
Сохраним полученные коэффициенты в отчёт.
a               = -79.7647         +/- 4.785e-07    (5.999e-07%)
k               = 0.000223091      +/- 2.444e-07    (0.1096%)
b               = 111.29           +/- 0.0005995    (0.0005387%

Зависимость энергии от угла аппроксимировали параболой:

  

7.Проделаем аналогичные операции для торсионного угла d3, его значения должны изменяться от -180 до 180 c шагом 12. 
make_b_3.bash
углы_энергии
Сохраним полученные коэффициенты в отчёт.
a               = -79.7623         +/- 6.577e-07    (8.245e-07%)
k               = 0.00234519       +/- 8.891e-07    (0.03791%)
n               = 3.00014          +/- 0.0002247    (0.007491%)

Зависимость энергии от угла аппроксимировали косинусом f(x)=k*cos(n*x)+a (k=0,05, n=3, a=-80)
Функция имеет три минимума: