Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Шестой семестр

Результаты упражнений

С помощью babel сделаем pdb файл этана из результатов оптимизации из предыдущего практикума. CH4 Добавим путь к скриптам в системный путь:

export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin

Подготовка pdb.

Ante_RED.pl et.pdb

Мультиплетность 1, заряд 0. Переименуем p2n файл в Mol_red1.p2n

RED-vIII.4.pl

файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами атомов и зарядами.
2.
файл описания молекулы в формате GROMACS. et.top
3. подготовлено два состояния системы, первое соответствует газовой фазе, где расстояния между молекулами порядка 50 ангстрем. Вторая система имеет такую же плотность как и жидкий этан. Наша задача провести короткое моделирование динамики каждой из этих систем о определить разницу в энергии VdW взаимодействий между системами. И сравнить эту разницу с энтальпией испарения этана. При Т=25 это значение равно 5.4 кДж/моль. создадать 7 топологий с разными значениями epsilon. script.bash
3.Мы создали 7 файлов топологии. строчки для расчета.

grompp_d -f md -c box_big -p v_${i}.top -o vb_${i} -maxwarn 1 && mdrun_d -deffnm  vb_${i} -v 
 grompp_d -f md -c box_38 -p v_${i}.top -o v_${i} -maxwarn 1 && mdrun_d -deffnm  v_${i} -v

Конвертируем траекторию trr в pdb и посмотрим в PyMol.

trjconv_d -f v_3 -s v_3 -o v_3.pdb

подщет энергии

echo -e "LJ-(SR)\nCoulomb-(SR)\n0" | g_energy -f -b 10  vb_${i} -o eb_${i} > vb_${i}.txt
echo -e "LJ-(SR)\nCoulomb-(SR)\n0" | g_energy -f -b 10  v_${i} -o e_${i} > v_${i}.txt

4. На основе полученных txt файлов ( для жидкой фазы для газовой фазы) видим, что Кулоновские взаимодействия обеих фаз ниже, чем Ван-дер-Ваальсовы. Для газа Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия меньше чем у жидкости. Следовательно, для оценки энтальпии испарения лучше брать значения для Ван-дер-ВВаальсовых взаимодействий для жидкой фазы. Чтобы воспроизводилась энтальпия испарения этана, значения epsilon для водорода должны лежать в диапазоне от 0.01562 до 0.03703

Главная

Шестой Семестр

H1>